Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
USP4Q13107 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP4Q13107 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP4Q13107 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP4Q13107 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP4Q13107 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP4Q13107 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP4Q13107 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP4Q13107 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP4Q13107 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP4Q13107 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP4Q13107 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP4Q13107 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP4Q13107 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP4Q13107 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP4Q13107 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP4Q13107 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP4Q13107 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP4Q13107 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP4Q13107 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
USP4Q13107 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP4Q13107 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC29■■■□□ 2.23
USP4Q13107 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP4Q13107 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP4Q13107 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP4Q13107 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP4Q13107 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP4Q13107 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP4Q13107 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP4Q13107 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP4Q13107 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
USP4Q13107 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP4Q13107 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP4Q13107 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP4Q13107 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
USP4Q13107 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP4Q13107 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP4Q13107 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
USP4Q13107 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP4Q13107 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP4Q13107 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
USP4Q13107 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
USP4Q13107 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP4Q13107 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP4Q13107 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP4Q13107 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP4Q13107 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP4Q13107 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP4Q13107 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP4Q13107 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP4Q13107 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP4Q13107 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP4Q13107 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP4Q13107 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
USP4Q13107 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP4Q13107 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP4Q13107 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP4Q13107 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP4Q13107 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
USP4Q13107 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP4Q13107 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
USP4Q13107 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
USP4Q13107 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
USP4Q13107 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP4Q13107 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP4Q13107 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP4Q13107 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP4Q13107 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP4Q13107 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP4Q13107 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP4Q13107 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP4Q13107 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP4Q13107 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP4Q13107 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP4Q13107 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP4Q13107 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP4Q13107 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP4Q13107 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP4Q13107 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP4Q13107 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP4Q13107 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP4Q13107 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP4Q13107 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP4Q13107 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
USP4Q13107 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP4Q13107 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
USP4Q13107 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
USP4Q13107 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP4Q13107 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
USP4Q13107 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP4Q13107 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP4Q13107 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
USP4Q13107 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
USP4Q13107 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
USP4Q13107 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
USP4Q13107 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
USP4Q13107 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
USP4Q13107 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.42■■■□□ 2.14
USP4Q13107 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
USP4Q13107 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
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