Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
VPS41P49754 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
VPS41P49754 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
VPS41P49754 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
VPS41P49754 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.17
VPS41P49754 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
VPS41P49754 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS41P49754 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.61■■■□□ 2.17
VPS41P49754 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS41P49754 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
VPS41P49754 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
VPS41P49754 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS41P49754 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS41P49754 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
VPS41P49754 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
VPS41P49754 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS41P49754 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
VPS41P49754 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS41P49754 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
VPS41P49754 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS41P49754 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS41P49754 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS41P49754 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
VPS41P49754 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
VPS41P49754 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS41P49754 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
VPS41P49754 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS41P49754 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
VPS41P49754 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS41P49754 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
VPS41P49754 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS41P49754 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
VPS41P49754 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
VPS41P49754 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS41P49754 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
VPS41P49754 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
VPS41P49754 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
VPS41P49754 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS41P49754 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS41P49754 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS41P49754 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
VPS41P49754 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
VPS41P49754 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
VPS41P49754 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS41P49754 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
VPS41P49754 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS41P49754 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
VPS41P49754 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
VPS41P49754 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
VPS41P49754 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS41P49754 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
VPS41P49754 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
VPS41P49754 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS41P49754 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
VPS41P49754 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS41P49754 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
VPS41P49754 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS41P49754 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS41P49754 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
VPS41P49754 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS41P49754 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
VPS41P49754 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS41P49754 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
VPS41P49754 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS41P49754 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS41P49754 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS41P49754 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS41P49754 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS41P49754 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
VPS41P49754 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
VPS41P49754 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
VPS41P49754 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
VPS41P49754 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS41P49754 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS41P49754 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS41P49754 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS41P49754 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS41P49754 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS41P49754 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS41P49754 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS41P49754 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS41P49754 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS41P49754 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS41P49754 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS41P49754 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS41P49754 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS41P49754 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS41P49754 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS41P49754 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS41P49754 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS41P49754 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS41P49754 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS41P49754 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS41P49754 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS41P49754 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS41P49754 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS41P49754 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS41P49754 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS41P49754 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS41P49754 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 438.3 ms