Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 OGDH-205ENST00000444676 3309 ntTSL 5 BASIC10.76□□□□□ -0.693e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 NUSAP1-201ENST00000260359 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.81□□□□□ -0.843e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 OGDH-201ENST00000222673 4181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.67□□□□□ -0.863e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 OGDH-207ENST00000449767 3479 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC9.63□□□□□ -0.873e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 OGDH-206ENST00000447398 3474 ntTSL 5 BASIC9.45□□□□□ -0.93e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 AC079466.1-201ENST00000587961 4453 ntTSL 2 BASIC9.19□□□□□ -0.941e-29■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 NUSAP1-212ENST00000560747 2256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.62□□□□□ -1.033e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 NUSAP1-203ENST00000450592 1301 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.48□□□□□ -1.053e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 OGDH-210ENST00000631326 4116 ntTSL 5 BASIC8.41□□□□□ -1.063e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 NUSAP1-205ENST00000558123 1934 ntTSL 58.04□□□□□ -1.123e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 OGDH-202ENST00000419661 789 ntTSL 58□□□□□ -1.133e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 NUSAP1-210ENST00000560177 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.12□□□□□ -1.273e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 NUSAP1-202ENST00000414849 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.5□□□□□ -1.373e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.452e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.312e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 CALM2-203ENST00000432899 1004 ntTSL 512.3□□□□□ -0.442e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 STPG4-206ENST00000422269 983 ntTSL 210.75□□□□□ -0.692e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 CALM2-206ENST00000482532 1891 ntTSL 210.65□□□□□ -0.72e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 CALM2-204ENST00000456319 703 ntTSL 28.55□□□□□ -1.042e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 CALM2-205ENST00000460218 4502 ntTSL 1 (best)1.59□□□□□ -2.162e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 CALM2-202ENST00000409563 770 ntTSL 5 BASIC8.78□□□□□ -12e-8■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 SUPT6H-202ENST00000347486 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.898e-7■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 SUPT6H-201ENST00000314616 6523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.74□□□□□ -1.178e-7■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 SUPT6H-211ENST00000584312 483 ntTSL 24.28□□□□□ -1.728e-7■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PNISR-208ENST00000481229 395 ntTSL 39.16□□□□□ -0.944e-9■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.75■□□□□ 0.758e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.78e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 TRMT1-222ENST00000593157 2127 ntTSL 219.28■□□□□ 0.688e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 TRMT1-211ENST00000588511 2251 ntTSL 519.25■□□□□ 0.678e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 SPN-205ENST00000563039 1853 ntTSL 518.69■□□□□ 0.588e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 GOLGA4-209ENST00000450863 1617 ntTSL 518.32■□□□□ 0.528e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 TMEM70-202ENST00000416961 928 ntTSL 218.23■□□□□ 0.518e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.248e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 GOLGA4-203ENST00000419177 760 ntTSL 315.71■□□□□ 0.118e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 GOLGA4-204ENST00000429018 2036 ntTSL 1 (best)15.23■□□□□ 0.038e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.028e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.088e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 TRMT1-217ENST00000592062 2579 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.128e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 GOLIM4-202ENST00000470487 4373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.138e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PCM1-201ENST00000325083 6820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.14□□□□□ -0.151e-9■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 GOLGA4-205ENST00000431105 568 ntTSL 313.8□□□□□ -0.28e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PCM1-202ENST00000327578 8287 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.211e-9■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.218e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-207ENST00000560420 922 ntTSL 213.71□□□□□ -0.218e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-201ENST00000206451 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.32□□□□□ -0.288e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 TRMT1-202ENST00000357720 2142 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.318e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-208ENST00000561059 947 ntTSL 212.32□□□□□ -0.448e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-209ENST00000561142 865 ntTSL 512.32□□□□□ -0.448e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-210ENST00000561435 945 ntTSL 2 BASIC10.17□□□□□ -0.788e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 GOLGA4-206ENST00000435830 4152 ntTSL 1 (best)9.91□□□□□ -0.828e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-206ENST00000559741 763 ntTSL 39.41□□□□□ -0.98e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 HSP90B1-208ENST00000551983 728 ntTSL 28.84□□□□□ -0.991e-9■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-204ENST00000558112 651 ntTSL 58.47□□□□□ -1.058e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PCM1-212ENST00000519253 6443 ntTSL 1 (best) BASIC8.39□□□□□ -1.071e-9■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PUM1-214ENST00000525843 4528 ntTSL 57.41□□□□□ -1.221e-9■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PRKDC-202ENST00000338368 12784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.29□□□□□ -1.48e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PRKDC-201ENST00000314191 13509 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC6.2□□□□□ -1.428e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PCM1-215ENST00000522275 2379 ntTSL 24.1□□□□□ -1.751e-9■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PSME1-203ENST00000470718 476 ntTSL 33.26□□□□□ -1.898e-6■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 PCM1-222ENST00000524226 5955 ntTSL 1 (best) BASIC2.49□□□□□ -2.011e-9■□□□□ 9.2
CPSF6Q16630 SLC31A1-201ENST00000374212 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.112e-7■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 MALAT1-204ENST00000610481 353 ntTSL 3 BASIC10.25□□□□□ -0.779e-60■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.324e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.264e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 RCCD1-208ENST00000557266 2110 ntTSL 1 (best)22.08■■□□□ 1.134e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 RCCD1-205ENST00000556333 735 ntTSL 1 (best)19.18■□□□□ 0.664e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.664e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 GTPBP2-206ENST00000452781 681 ntTSL 518.29■□□□□ 0.529e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.479e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 RCCD1-204ENST00000555737 3157 ntTSL 1 (best)17.46■□□□□ 0.394e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-217ENST00000638952 5678 ntTSL 517.11■□□□□ 0.339e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.219e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-228ENST00000640306 2917 ntTSL 516.22■□□□□ 0.199e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-209ENST00000476241 4844 ntTSL 516.1■□□□□ 0.179e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 09e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.029e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.049e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.31□□□□□ -0.129e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-214ENST00000638475 2698 ntTSL 514.23□□□□□ -0.139e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-229ENST00000640440 871 ntTSL 313.4□□□□□ -0.269e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 FP671120.1-201ENST00000623664 2498 ntTSL 2 BASIC12.13□□□□□ -0.475e-24■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-212ENST00000638230 1922 ntTSL 511.9□□□□□ -0.519e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 CLNS1A-207ENST00000527133 667 ntTSL 311.72□□□□□ -0.539e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 RCCD1-209ENST00000557750 1696 ntTSL 311.66□□□□□ -0.544e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 SETD5-211ENST00000443339 3478 ntTSL 210.49□□□□□ -0.734e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-224ENST00000640056 2045 ntTSL 59.66□□□□□ -0.869e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-202ENST00000366525 2851 ntTSL 59.41□□□□□ -0.99e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-216ENST00000638716 2640 ntTSL 5 BASIC9.32□□□□□ -0.929e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-219ENST00000639628 4546 ntTSL 1 (best) BASIC8.55□□□□□ -1.049e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-222ENST00000639880 4239 ntTSL 58.41□□□□□ -1.069e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 SETD5-215ENST00000464410 593 ntTSL 47.85□□□□□ -1.154e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-223ENST00000640001 4227 ntTSL 5 BASIC7.69□□□□□ -1.189e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-207ENST00000468690 5273 ntTSL 57.65□□□□□ -1.199e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-206ENST00000465881 883 ntTSL 57.26□□□□□ -1.259e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-213ENST00000638301 3650 ntTSL 56.51□□□□□ -1.379e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-210ENST00000483966 1069 ntTSL 26.35□□□□□ -1.399e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-220ENST00000639667 3940 ntTSL 25.6□□□□□ -1.519e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 HNRNPU-215ENST00000638589 2225 ntTSL 25.09□□□□□ -1.599e-8■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.673e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 CCT5-203ENST00000503026 1933 ntTSL 2 BASIC11.17□□□□□ -0.623e-6■□□□□ 9.1
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