Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 TNKS-205ENST00000518027 766 ntTSL 37.65□□□□□ -1.184e-8■■■■■ 97.8
SF3B1O75533 SSBP3-201ENST00000326956 2913 ntTSL 215.02■□□□□ -04e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.077e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 STK3-201ENST00000419617 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.083e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 STK3-218ENST00000617590 2485 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.093e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 STK3-216ENST00000523601 3107 ntTSL 2 BASIC6.3□□□□□ -1.43e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-223ENST00000493222 864 ntTSL 322.88■■□□□ 1.252e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-227ENST00000497510 722 ntTSL 422.17■■□□□ 1.142e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-219ENST00000487469 1015 ntTSL 520.46■□□□□ 0.872e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-213ENST00000482668 645 ntTSL 320.22■□□□□ 0.832e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-215ENST00000483461 495 ntTSL 419.83■□□□□ 0.772e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-205ENST00000466642 1023 ntTSL 419.43■□□□□ 0.72e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-214ENST00000483108 598 ntTSL 417.74■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-206ENST00000467400 717 ntTSL 517.47■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-207ENST00000467648 2057 ntTSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 UGP2-220ENST00000487640 566 ntTSL 48.35□□□□□ -1.072e-6■■■■■ 97.7
SF3B1O75533 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.498e-10■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.434e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 UBXN4-204ENST00000426921 568 ntTSL 422.97■■□□□ 1.272e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 CYHR1-206ENST00000526887 1012 ntTSL 319.01■□□□□ 0.634e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 LMNA-216ENST00000496738 2405 ntTSL 217.79■□□□□ 0.442e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 FANCG-202ENST00000425676 2108 ntTSL 1 (best)17.63■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 CDK9-203ENST00000480353 706 ntTSL 216.84■□□□□ 0.298e-10■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 UBXN4-203ENST00000416538 1255 ntTSL 516.6■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.121e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 DDX11-219ENST00000542242 795 ntTSL 515.24■□□□□ 0.032e-8■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 RILPL1-202ENST00000376874 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.084e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 AGBL5-203ENST00000421915 559 ntTSL 414.07□□□□□ -0.165e-7■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 RAF1-204ENST00000432427 1831 ntTSL 58.8□□□□□ -15e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 TAOK1-203ENST00000577583 5557 ntTSL 28.68□□□□□ -1.022e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 UBE2Q1-206ENST00000491572 235 ntTSL 27.99□□□□□ -1.132e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 UBXN4-206ENST00000470687 549 ntTSL 22.58□□□□□ -22e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 TMEM135-208ENST00000531800 201 ntTSL 52.41□□□□□ -2.024e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 R3HDM1-207ENST00000436436 601 ntTSL 42.39□□□□□ -2.032e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 TIAL1-206ENST00000462373 260 ntTSL 31.36□□□□□ -2.192e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 KNL1-204ENST00000527044 5404 ntTSL 5 BASIC2.19□□□□□ -2.062e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 KNL1-211ENST00000533001 5923 ntTSL 1 (best)1.89□□□□□ -2.112e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 LRRC40-201ENST00000370952 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.03□□□□□ -0.83e-6■■■■■ 97.6
SF3B1O75533 ADGRB3-202ENST00000370598 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.98□□□□□ -0.973e-6■■■■■ 97.5
SF3B1O75533 ADGRB3-203ENST00000546190 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.16□□□□□ -1.263e-6■■■■■ 97.5
SF3B1O75533 AC099520.1-202ENST00000503650 777 ntTSL 3 BASIC2.49□□□□□ -2.015e-6■■■■■ 97.5
SF3B1O75533 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.788e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 SNX8-206ENST00000457286 686 ntTSL 315.17■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 HMBOX1-213ENST00000560269 569 ntTSL 414.59□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 SNX8-204ENST00000435336 634 ntTSL 513.05□□□□□ -0.328e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 SNX8-203ENST00000435060 762 ntTSL 512.35□□□□□ -0.438e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 PKP4-204ENST00000421462 3099 ntTSL 217.18■□□□□ 0.342e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 PKP4-206ENST00000452162 2359 ntTSL 1 (best)11.08□□□□□ -0.642e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 PANK4-202ENST00000435556 2524 ntTSL 217.33■□□□□ 0.365e-7■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.335e-7■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 UBR1-202ENST00000546274 3332 ntTSL 2 BASIC8.01□□□□□ -1.132e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 HDLBP-201ENST00000310931 4571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.5□□□□□ -0.893e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 FNDC3B-202ENST00000415807 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.53e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 TP53BP1-204ENST00000411772 3976 ntTSL 59.16□□□□□ -0.944e-8■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 FAM193B-211ENST00000508298 479 ntTSL 520.53■□□□□ 0.881e-6■■■■■ 97.4
SF3B1O75533 FANCA-202ENST00000389301 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.382e-6■■■■■ 97.3
SF3B1O75533 FANCA-230ENST00000568369 4601 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.63□□□□□ -0.712e-6■■■■■ 97.3
SF3B1O75533 IPO9-201ENST00000361565 11435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.115e-6■■■■■ 97.3
SF3B1O75533 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.043e-7■■■■■ 97.3
SF3B1O75533 XPOT-201ENST00000332707 6414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.79□□□□□ -0.21e-6■■■■■ 97.3
SF3B1O75533 TMBIM1-205ENST00000420341 361 ntTSL 416.76■□□□□ 0.273e-7■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 AC098617.1-201ENST00000424116 500 ntTSL 214.35□□□□□ -0.115e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 TMBIM1-208ENST00000434015 580 ntTSL 313.97□□□□□ -0.173e-7■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 TMBIM1-203ENST00000413976 348 ntTSL 412.37□□□□□ -0.433e-7■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 AC098617.1-202ENST00000428980 1207 ntTSL 5 BASIC9.14□□□□□ -0.955e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.931e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 CMIP-202ENST00000537098 4357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.162e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.713e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.473e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 DBF4B-202ENST00000393547 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.227e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 DBF4B-205ENST00000526924 2998 ntTSL 1 (best)12.08□□□□□ -0.487e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 DBF4B-201ENST00000315005 2997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.87e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.453e-6■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.173e-8■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 PER1-212ENST00000581395 3209 ntTSL 215.63■□□□□ 0.093e-8■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 PER1-202ENST00000354903 3115 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.233e-8■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 PER1-211ENST00000581082 4521 ntTSL 5 BASIC12.64□□□□□ -0.393e-8■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 PER1-214ENST00000582719 3677 ntTSL 512.33□□□□□ -0.443e-8■■■■■ 97.1
SF3B1O75533 TFDP2-201ENST00000464782 640 ntTSL 423.46■■□□□ 1.352e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 TFDP2-207ENST00000475734 578 ntTSL 522.53■■□□□ 1.22e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 TFDP2-208ENST00000476617 596 ntTSL 421.41■■□□□ 1.022e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 TFDP2-221ENST00000495095 575 ntTSL 419.75■□□□□ 0.752e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 TFDP2-219ENST00000494358 578 ntTSL 1 (best)19.08■□□□□ 0.652e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 TFDP2-203ENST00000467634 571 ntTSL 413.87□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.521e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.141e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 LMNA-206ENST00000368300 3190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.59□□□□□ -0.391e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 NELFA-209ENST00000453740 738 ntTSL 317.53■□□□□ 0.42e-8■■■■■ 97
SF3B1O75533 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.136e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 MKLN1-203ENST00000421797 2460 ntTSL 2 BASIC13.76□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 97
SF3B1O75533 MKLN1-209ENST00000494785 2386 ntTSL 1 (best)11.89□□□□□ -0.512e-7■■■■■ 97
SF3B1O75533 MKLN1-206ENST00000458153 2448 ntTSL 210.15□□□□□ -0.782e-7■■■■■ 97
SF3B1O75533 MKLN1-201ENST00000352689 11156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.46□□□□□ -1.862e-7■■■■■ 97
SF3B1O75533 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.585e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 NSMAF-201ENST00000038176 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.22□□□□□ -0.775e-6■■■■■ 97
SF3B1O75533 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.383e-6■■■■■ 96.9
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1355.5 ms