Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TRIM4Q9C037 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
TRIM4Q9C037 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
TRIM4Q9C037 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM4Q9C037 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
TRIM4Q9C037 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
TRIM4Q9C037 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TRIM4Q9C037 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRIM4Q9C037 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TRIM4Q9C037 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
TRIM4Q9C037 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
TRIM4Q9C037 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TRIM4Q9C037 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM4Q9C037 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TRIM4Q9C037 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TRIM4Q9C037 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM4Q9C037 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM4Q9C037 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM4Q9C037 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM4Q9C037 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM4Q9C037 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRIM4Q9C037 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM4Q9C037 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM4Q9C037 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM4Q9C037 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRIM4Q9C037 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRIM4Q9C037 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRIM4Q9C037 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM4Q9C037 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM4Q9C037 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM4Q9C037 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM4Q9C037 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
TRIM4Q9C037 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TRIM4Q9C037 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TRIM4Q9C037 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM4Q9C037 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
TRIM4Q9C037 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
TRIM4Q9C037 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM4Q9C037 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRIM4Q9C037 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TRIM4Q9C037 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TRIM4Q9C037 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
TRIM4Q9C037 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
TRIM4Q9C037 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TRIM4Q9C037 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
TRIM4Q9C037 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRIM4Q9C037 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
TRIM4Q9C037 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
TRIM4Q9C037 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TRIM4Q9C037 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
TRIM4Q9C037 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM4Q9C037 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TRIM4Q9C037 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TRIM4Q9C037 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM4Q9C037 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TRIM4Q9C037 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRIM4Q9C037 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRIM4Q9C037 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM4Q9C037 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM4Q9C037 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRIM4Q9C037 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRIM4Q9C037 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
TRIM4Q9C037 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
TRIM4Q9C037 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
TRIM4Q9C037 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRIM4Q9C037 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TRIM4Q9C037 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TRIM4Q9C037 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRIM4Q9C037 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRIM4Q9C037 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TRIM4Q9C037 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
TRIM4Q9C037 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRIM4Q9C037 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRIM4Q9C037 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRIM4Q9C037 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
TRIM4Q9C037 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TRIM4Q9C037 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
TRIM4Q9C037 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.5 ms