Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQT9

CLSTN3, Calsyntenin-3, humanhuman

Predictions only

Length 956 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLSTN3Q9BQT9 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CLSTN3Q9BQT9 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CLSTN3Q9BQT9 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CLSTN3Q9BQT9 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CLSTN3Q9BQT9 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC30.99■■■□□ 2.55
CLSTN3Q9BQT9 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
CLSTN3Q9BQT9 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC30.9■■■□□ 2.54
CLSTN3Q9BQT9 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC30.88■■■□□ 2.53
CLSTN3Q9BQT9 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
CLSTN3Q9BQT9 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CLSTN3Q9BQT9 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CLSTN3Q9BQT9 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CLSTN3Q9BQT9 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CLSTN3Q9BQT9 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CLSTN3Q9BQT9 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CLSTN3Q9BQT9 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CLSTN3Q9BQT9 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CLSTN3Q9BQT9 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CLSTN3Q9BQT9 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
CLSTN3Q9BQT9 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CLSTN3Q9BQT9 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC30.7■■■□□ 2.51
CLSTN3Q9BQT9 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC30.69■■■□□ 2.5
CLSTN3Q9BQT9 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CLSTN3Q9BQT9 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CLSTN3Q9BQT9 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CLSTN3Q9BQT9 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CLSTN3Q9BQT9 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CLSTN3Q9BQT9 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
CLSTN3Q9BQT9 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CLSTN3Q9BQT9 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CLSTN3Q9BQT9 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
CLSTN3Q9BQT9 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CLSTN3Q9BQT9 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CLSTN3Q9BQT9 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC30.52■■■□□ 2.48
CLSTN3Q9BQT9 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
CLSTN3Q9BQT9 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
CLSTN3Q9BQT9 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
CLSTN3Q9BQT9 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
CLSTN3Q9BQT9 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
CLSTN3Q9BQT9 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.45■■■□□ 2.47
CLSTN3Q9BQT9 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CLSTN3Q9BQT9 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CLSTN3Q9BQT9 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CLSTN3Q9BQT9 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC30.4■■■□□ 2.46
CLSTN3Q9BQT9 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CLSTN3Q9BQT9 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CLSTN3Q9BQT9 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CLSTN3Q9BQT9 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
CLSTN3Q9BQT9 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CLSTN3Q9BQT9 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.45
CLSTN3Q9BQT9 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
CLSTN3Q9BQT9 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CLSTN3Q9BQT9 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CLSTN3Q9BQT9 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CLSTN3Q9BQT9 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
CLSTN3Q9BQT9 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CLSTN3Q9BQT9 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
CLSTN3Q9BQT9 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.43
CLSTN3Q9BQT9 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CLSTN3Q9BQT9 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC30.24■■■□□ 2.43
CLSTN3Q9BQT9 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CLSTN3Q9BQT9 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CLSTN3Q9BQT9 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CLSTN3Q9BQT9 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CLSTN3Q9BQT9 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CLSTN3Q9BQT9 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CLSTN3Q9BQT9 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CLSTN3Q9BQT9 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CLSTN3Q9BQT9 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CLSTN3Q9BQT9 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
CLSTN3Q9BQT9 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
CLSTN3Q9BQT9 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC30.05■■■□□ 2.4
CLSTN3Q9BQT9 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC30.05■■■□□ 2.4
CLSTN3Q9BQT9 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CLSTN3Q9BQT9 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
CLSTN3Q9BQT9 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
CLSTN3Q9BQT9 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC30■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
CLSTN3Q9BQT9 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
CLSTN3Q9BQT9 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
CLSTN3Q9BQT9 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
CLSTN3Q9BQT9 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
CLSTN3Q9BQT9 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.38
CLSTN3Q9BQT9 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CLSTN3Q9BQT9 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
CLSTN3Q9BQT9 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC29.86■■■□□ 2.37
CLSTN3Q9BQT9 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CLSTN3Q9BQT9 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
CLSTN3Q9BQT9 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CLSTN3Q9BQT9 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
CLSTN3Q9BQT9 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
CLSTN3Q9BQT9 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms