Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 NFE2L1-201ENST00000357480 4672 ntTSL 1 (best) BASIC12.62□□□□□ -0.395e-20■■■■■ 103.5
UPF1Q92900 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.212e-7■■■■■ 103.4
UPF1Q92900 PTPA-216ENST00000432651 857 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.71e-39■■■■■ 103.1
UPF1Q92900 WWP2-207ENST00000566463 1971 ntTSL 216.16■□□□□ 0.187e-23■■■■■ 101.5
UPF1Q92900 WWP2-203ENST00000544162 2723 ntTSL 212□□□□□ -0.497e-23■■■■■ 101.5
UPF1Q92900 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.811e-8■■■■■ 100.4
UPF1Q92900 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.544e-14■■■■■ 100.1
UPF1Q92900 MRPS16-205ENST00000479005 2580 ntTSL 216.52■□□□□ 0.234e-14■■■■■ 100.1
UPF1Q92900 MRPS16-202ENST00000372945 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.074e-14■■■■■ 100.1
UPF1Q92900 FAM129B-206ENST00000478917 362 ntTSL 519.43■□□□□ 0.74e-14■■■■■ 100
UPF1Q92900 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.294e-14■■■■■ 100
UPF1Q92900 FAM129B-202ENST00000373314 3760 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.194e-14■■■■■ 100
UPF1Q92900 NFE2L1-218ENST00000583378 2051 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.023e-23■■■■■ 97.4
UPF1Q92900 SH3BP5-204ENST00000412806 1900 ntTSL 524.63■■□□□ 1.532e-10■■■■■ 97.4
UPF1Q92900 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.152e-10■■■■■ 97.4
UPF1Q92900 SERPINA5-203ENST00000553780 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.44□□□□□ -0.19e-16■■■■■ 97.4
UPF1Q92900 LASP1-209ENST00000585841 1408 ntTSL 224.74■■□□□ 1.558e-32■■■■■ 96.7
UPF1Q92900 SERPINA5-208ENST00000554866 2211 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.333e-10■■■■■ 96.5
UPF1Q92900 SERPINA5-205ENST00000554276 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.453e-10■■■■■ 96.5
UPF1Q92900 SERPINA5-201ENST00000329597 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.53e-10■■■■■ 96.5
UPF1Q92900 OGDH-207ENST00000449767 3479 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC9.35□□□□□ -0.917e-18■■■■■ 96.4
UPF1Q92900 TMEM222-209ENST00000498220 679 ntTSL 39.98□□□□□ -0.816e-25■■■■■ 95.9
UPF1Q92900 TM9SF4-206ENST00000479591 566 ntTSL 214.78□□□□□ -0.042e-54■■■■■ 95.7
UPF1Q92900 AL591806.3-201ENST00000289779 2096 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.452e-24■■■■■ 94.9
UPF1Q92900 TIMP2-205ENST00000592761 2433 ntTSL 1 (best)15.24■□□□□ 0.031e-57■■■■■ 94.9
UPF1Q92900 SSR3-201ENST00000265044 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.735e-13■■■■■ 94.7
UPF1Q92900 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.026e-40■■■■■ 94.3
UPF1Q92900 COMMD4-213ENST00000565834 1671 ntTSL 523.08■■□□□ 1.297e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.187e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-206ENST00000562610 850 ntTSL 322.4■■□□□ 1.187e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.047e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-208ENST00000563220 1897 ntTSL 221.37■■□□□ 1.017e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 17e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 17e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 17e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-221ENST00000567935 502 ntTSL 321.12■□□□□ 0.977e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-225ENST00000569245 867 ntTSL 220.32■□□□□ 0.847e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-215ENST00000566843 2284 ntTSL 216.57■□□□□ 0.247e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-209ENST00000564068 4204 nt13.04□□□□□ -0.327e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 COMMD4-203ENST00000480484 3225 ntTSL 1 (best)10.84□□□□□ -0.677e-14■■■■■ 92.7
UPF1Q92900 GTF3C1-207ENST00000567806 584 ntTSL 427.96■■■□□ 2.079e-15■■■■■ 92.4
UPF1Q92900 USP22-202ENST00000455117 677 ntTSL 514.8□□□□□ -0.042e-14■■■■■ 92.3
UPF1Q92900 CLUH-211ENST00000575014 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 517.89■□□□□ 0.461e-17■■■■■ 91.9
UPF1Q92900 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.261e-17■■■■■ 91.9
UPF1Q92900 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.031e-17■■■■■ 91.9
UPF1Q92900 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.043e-32■■■■■ 91.7
UPF1Q92900 OGDH-206ENST00000447398 3474 ntTSL 5 BASIC9.27□□□□□ -0.939e-18■■■■■ 91.5
UPF1Q92900 HIST1H2BD-201ENST00000289316 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.86□□□□□ -0.997e-23■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.89e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.529e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.519e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.59e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.439e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.249e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.249e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 PTPA-205ENST00000357197 2653 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.239e-17■■■■■ 91.2
UPF1Q92900 CRCP-207ENST00000492264 731 ntTSL 312.42□□□□□ -0.424e-25■■■■■ 91
UPF1Q92900 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.153e-14■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 CLDN4-203ENST00000435050 4163 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.98□□□□□ -0.333e-14■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 CLDN4-202ENST00000431918 4108 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.523e-14■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 DOLPP1-204ENST00000412363 911 ntTSL 522.23■■□□□ 1.151e-17■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 PTBP1-210ENST00000586944 4661 ntTSL 217.32■□□□□ 0.361e-28■■■■■ 90.9
UPF1Q92900 CDC34-205ENST00000606065 1062 ntTSL 531.9■■■□□ 2.71e-9■■■■■ 90.5
UPF1Q92900 CDC34-206ENST00000606400 899 ntTSL 224.47■■□□□ 1.511e-9■■■■■ 90.5
UPF1Q92900 CDC34-202ENST00000586283 1147 ntTSL 324.42■■□□□ 1.51e-9■■■■■ 90.5
UPF1Q92900 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.224e-7■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 MFSD2B-205ENST00000495018 1156 ntTSL 1 (best)16.88■□□□□ 0.294e-7■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 MFSD2B-204ENST00000469562 2613 ntTSL 1 (best)15.6■□□□□ 0.094e-7■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 MFSD2B-201ENST00000338315 2850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.074e-7■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.415e-15■■■■■ 89.4
UPF1Q92900 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.917e-8■■■■■ 89.1
UPF1Q92900 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.778e-27■■■■■ 88.3
UPF1Q92900 LYPLA2-210ENST00000495365 842 ntTSL 222.71■■□□□ 1.234e-11■■■■■ 88.2
UPF1Q92900 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.984e-11■■■■■ 88.2
UPF1Q92900 SEC61A1-202ENST00000424880 3238 ntTSL 2 BASIC12.01□□□□□ -0.497e-17■■■■■ 87.7
UPF1Q92900 SEC61A1-205ENST00000483956 3046 ntTSL 1 (best)11.94□□□□□ -0.57e-17■■■■■ 87.7
UPF1Q92900 SEC61A1-201ENST00000243253 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.74□□□□□ -0.537e-17■■■■■ 87.7
UPF1Q92900 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.795e-35■■■■■ 87.6
UPF1Q92900 ECE1-202ENST00000357071 3763 ntTSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.78e-16■■■■■ 87
UPF1Q92900 DAB2IP-202ENST00000309989 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.275e-50■■■■■ 86.9
UPF1Q92900 PACSIN3-209ENST00000532457 1845 ntTSL 527.98■■■□□ 2.073e-18■■■■■ 86.9
UPF1Q92900 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.663e-18■■■■■ 86.9
UPF1Q92900 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.393e-18■■■■■ 86.9
UPF1Q92900 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.091e-20■■■■■ 86.8
UPF1Q92900 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.692e-267■■■■■ 85.9
UPF1Q92900 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.126e-17■■■■■ 85.8
UPF1Q92900 TMEM9-210ENST00000495205 971 ntTSL 517.57■□□□□ 0.41e-323■■■■■ 84.9
UPF1Q92900 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.42e-22■■■■■ 84.8
UPF1Q92900 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.42e-22■■■■■ 84.8
UPF1Q92900 PSMB2-201ENST00000373237 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.328e-10■■■■■ 84.5
UPF1Q92900 PSMB2-202ENST00000621781 4217 ntTSL 1 (best) BASIC6.56□□□□□ -1.368e-10■■■■■ 84.5
UPF1Q92900 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.252e-20■■■■■ 84.4
UPF1Q92900 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.182e-20■■■■■ 84.4
UPF1Q92900 OGDH-203ENST00000439616 2962 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.161e-17■■■■■ 84.3
UPF1Q92900 SERPINE1-201ENST00000223095 3190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.48□□□□□ -0.739e-25■■■■■ 83.9
UPF1Q92900 JUN-201ENST00000371222 3540 ntAPPRIS P1 BASIC14.53□□□□□ -0.087e-9■■■■■ 83.8
UPF1Q92900 LAMP1-203ENST00000472564 5242 ntTSL 217.01■□□□□ 0.311e-10■■■■■ 83.7
UPF1Q92900 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.662e-11■■■■■ 83.5
UPF1Q92900 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.242e-11■■■■■ 83.5
UPF1Q92900 HYOU1-220ENST00000617285 4529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.252e-11■■■■■ 83.5
Retrieved 100 of 15,879 protein–RNA pairs in 292.9 ms