Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
COL6A1P12109 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
COL6A1P12109 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
COL6A1P12109 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL6A1P12109 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms