Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.03
MSX1P28360 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
MSX1P28360 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms