Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CHMP4CQ96CF2 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
CHMP4CQ96CF2 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CHMP4CQ96CF2 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CHMP4CQ96CF2 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms