Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARID5A-205ENST00000470579 876 ntTSL 217.86■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PHGDH-234ENST00000642041 943 nt17.86■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACSF3-213ENST00000542688 2024 ntTSL 517.86■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ABHD2-204ENST00000564876 542 ntTSL 417.85■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHEK1-209ENST00000527013 661 ntTSL 317.84■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SOS1-204ENST00000451331 579 ntTSL 417.84■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LSM1-205ENST00000523511 700 ntTSL 317.84■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BAIAP2-208ENST00000572073 782 ntTSL 317.83■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LYPLA2-210ENST00000495365 842 ntTSL 217.83■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 METTL8-203ENST00000392604 1697 ntTSL 1 (best)17.82■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXL5-213ENST00000515679 591 ntTSL 317.78■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXL5-212ENST00000514541 592 ntTSL 417.78■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBXL5-206ENST00000507899 741 ntTSL 517.78■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBY1-202ENST00000396811 1269 ntAPPRIS P1 TSL 217.77■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.448e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-261ENST00000507901 562 ntTSL 417.76■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-269ENST00000512725 539 ntTSL 417.75■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYB5R1-203ENST00000473599 661 ntTSL 317.75■□□□□ 0.439e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RIPOR1-207ENST00000562116 244 ntTSL 317.73■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-230ENST00000412274 496 ntTSL 217.73■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KANSL3-215ENST00000478492 543 ntTSL 417.73■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACSF3-214ENST00000543676 940 ntTSL 217.72■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-211ENST00000473339 870 ntTSL 317.72■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NPHP4-209ENST00000489180 5548 ntTSL 217.69■□□□□ 0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SH3BP2-206ENST00000503219 551 ntTSL 417.68■□□□□ 0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NDUFA3-206ENST00000419113 654 ntTSL 317.66■□□□□ 0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LASP1-207ENST00000581485 617 ntTSL 317.65■□□□□ 0.428e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SH3BP2-215ENST00000510074 649 ntTSL 517.64■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SH3BP2-219ENST00000511237 517 ntTSL 517.64■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUTM2B-AS1-207ENST00000495430 829 ntTSL 517.64■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-222ENST00000524035 2853 ntTSL 217.64■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-268ENST00000512694 623 ntTSL 417.63■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 URGCP-213ENST00000497914 4360 ntTSL 1 (best)17.63■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GPR89B-203ENST00000468618 750 ntTSL 317.61■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MOB1A-202ENST00000463975 1799 ntTSL 217.59■□□□□ 0.411e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-204ENST00000562586 578 ntTSL 217.59■□□□□ 0.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC17.57■□□□□ 0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP23-221ENST00000568859 565 ntTSL 417.56■□□□□ 0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLYWCH1-202ENST00000344592 2565 ntTSL 1 (best)17.56■□□□□ 0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC144NL-AS1-212ENST00000580056 521 ntTSL 417.55■□□□□ 0.48e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.46e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.41e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-250ENST00000503628 570 ntTSL 417.5■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-205ENST00000379115 1531 ntTSL 517.49■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB35-201ENST00000229340 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS53-215ENST00000573028 3204 ntTSL 217.48■□□□□ 0.391e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLD3-217ENST00000594908 804 ntTSL 317.47■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDX19A-212ENST00000569244 557 ntTSL 417.47■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.47■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAPPC10-203ENST00000422875 5267 ntTSL 1 (best)17.46■□□□□ 0.398e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LASP1-202ENST00000419929 762 ntTSL 317.44■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-220ENST00000600296 525 ntTSL 317.44■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LSM1-204ENST00000522515 1568 ntTSL 317.43■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAP1GDS1-219ENST00000514122 579 ntTSL 417.43■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EPB41L1-207ENST00000406771 652 ntTSL 517.42■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OGG1-212ENST00000426518 874 ntTSL 517.42■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIH1D1-215ENST00000598175 418 ntTSL 517.4■□□□□ 0.381e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 GPR89B-205ENST00000488165 1954 ntTSL 1 (best)17.39■□□□□ 0.388e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.378e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.378e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENTPD4-205ENST00000518718 566 ntTSL 417.36■□□□□ 0.378e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.378e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.378e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.379e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.378e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.378e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.368e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HEXA-202ENST00000563762 1174 ntTSL 217.3■□□□□ 0.368e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CPVL-212ENST00000488891 696 ntTSL 517.29■□□□□ 0.368e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.368e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AMPD2-223ENST00000531734 572 ntTSL 417.27■□□□□ 0.368e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.368e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1370.1 ms