Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TPD52L2-203ENST00000348257 2237 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
MSX2P35548 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 C16orf89-201ENST00000315997 1872 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 LINC00029-201ENST00000370341 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
MSX2P35548 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
MSX2P35548 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms