Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 GABARAP-205ENST00000573928 476 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC20.89■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
TRIM28Q13263 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC20.89■□□□□ 0.93
TRIM28Q13263 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
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