Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NUP88Q99567 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NUP88Q99567 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NUP88Q99567 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NUP88Q99567 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NUP88Q99567 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NUP88Q99567 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NUP88Q99567 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NUP88Q99567 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NUP88Q99567 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
NUP88Q99567 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.21■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
NUP88Q99567 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
NUP88Q99567 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms