Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
HOXA4Q00056 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
HOXA4Q00056 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 137.3 ms