Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SDC3O75056 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SDC3O75056 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SDC3O75056 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SDC3O75056 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SDC3O75056 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SDC3O75056 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SDC3O75056 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SDC3O75056 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SDC3O75056 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SDC3O75056 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SDC3O75056 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SDC3O75056 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SDC3O75056 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SDC3O75056 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC3O75056 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC3O75056 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC3O75056 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC3O75056 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC3O75056 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC3O75056 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC3O75056 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SDC3O75056 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SDC3O75056 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SDC3O75056 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC3O75056 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC3O75056 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC3O75056 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC3O75056 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SDC3O75056 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC3O75056 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC3O75056 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC3O75056 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC3O75056 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC3O75056 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SDC3O75056 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SDC3O75056 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC3O75056 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC3O75056 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SDC3O75056 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC3O75056 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC3O75056 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC3O75056 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC3O75056 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC3O75056 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SDC3O75056 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC3O75056 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC3O75056 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC3O75056 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC3O75056 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SDC3O75056 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC3O75056 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC3O75056 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC3O75056 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC3O75056 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC3O75056 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC3O75056 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC3O75056 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC3O75056 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SDC3O75056 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SDC3O75056 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms