Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TDP1Q9NUW8 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TDP1Q9NUW8 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
TDP1Q9NUW8 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TDP1Q9NUW8 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
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