Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
IFT88Q13099 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
IFT88Q13099 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
IFT88Q13099 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
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