Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SDC4P31431 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SDC4P31431 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SDC4P31431 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC4P31431 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC4P31431 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC4P31431 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SDC4P31431 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC4P31431 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC4P31431 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC4P31431 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC4P31431 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SDC4P31431 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SDC4P31431 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
SDC4P31431 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
SDC4P31431 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SDC4P31431 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SDC4P31431 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SDC4P31431 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SDC4P31431 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
SDC4P31431 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SDC4P31431 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SDC4P31431 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SDC4P31431 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SDC4P31431 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SDC4P31431 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SDC4P31431 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SDC4P31431 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SDC4P31431 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
SDC4P31431 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC4P31431 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC4P31431 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC4P31431 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC4P31431 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC4P31431 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC4P31431 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SDC4P31431 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SDC4P31431 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SDC4P31431 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SDC4P31431 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SDC4P31431 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SDC4P31431 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SDC4P31431 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SDC4P31431 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SDC4P31431 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SDC4P31431 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SDC4P31431 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SDC4P31431 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SDC4P31431 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SDC4P31431 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SDC4P31431 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SDC4P31431 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SDC4P31431 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SDC4P31431 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SDC4P31431 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SDC4P31431 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SDC4P31431 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SDC4P31431 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC4P31431 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC4P31431 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC4P31431 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC4P31431 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC4P31431 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC4P31431 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC4P31431 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SDC4P31431 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SDC4P31431 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SDC4P31431 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SDC4P31431 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SDC4P31431 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SDC4P31431 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SDC4P31431 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SDC4P31431 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SDC4P31431 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SDC4P31431 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SDC4P31431 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SDC4P31431 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SDC4P31431 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SDC4P31431 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SDC4P31431 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
SDC4P31431 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SDC4P31431 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SDC4P31431 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SDC4P31431 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SDC4P31431 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SDC4P31431 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SDC4P31431 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC4P31431 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC4P31431 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC4P31431 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC4P31431 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC4P31431 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SDC4P31431 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC4P31431 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC4P31431 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC4P31431 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SDC4P31431 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SDC4P31431 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SDC4P31431 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SDC4P31431 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms