Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC35.62■■■■□ 3.29
SDC4P31431 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
SDC4P31431 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC34.81■■■■□ 3.16
SDC4P31431 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.74■■■■□ 3.15
SDC4P31431 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
SDC4P31431 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
SDC4P31431 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC34.41■■■■□ 3.1
SDC4P31431 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC34.08■■■■□ 3.05
SDC4P31431 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
SDC4P31431 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC33.99■■■■□ 3.03
SDC4P31431 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
SDC4P31431 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
SDC4P31431 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
SDC4P31431 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
SDC4P31431 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
SDC4P31431 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC32.94■■■□□ 2.86
SDC4P31431 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC32.92■■■□□ 2.86
SDC4P31431 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
SDC4P31431 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
SDC4P31431 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.73■■■□□ 2.83
SDC4P31431 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC32.7■■■□□ 2.83
SDC4P31431 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SDC4P31431 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.66■■■□□ 2.82
SDC4P31431 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC32.56■■■□□ 2.8
SDC4P31431 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
SDC4P31431 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
SDC4P31431 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC32.46■■■□□ 2.79
SDC4P31431 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.39■■■□□ 2.78
SDC4P31431 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
SDC4P31431 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
SDC4P31431 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
SDC4P31431 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
SDC4P31431 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
SDC4P31431 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.94■■■□□ 2.7
SDC4P31431 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
SDC4P31431 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC31.9■■■□□ 2.7
SDC4P31431 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
SDC4P31431 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC31.84■■■□□ 2.69
SDC4P31431 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
SDC4P31431 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
SDC4P31431 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
SDC4P31431 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
SDC4P31431 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
SDC4P31431 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
SDC4P31431 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SDC4P31431 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
SDC4P31431 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.55■■■□□ 2.64
SDC4P31431 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.54■■■□□ 2.64
SDC4P31431 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC31.51■■■□□ 2.63
SDC4P31431 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.48■■■□□ 2.63
SDC4P31431 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
SDC4P31431 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC31.44■■■□□ 2.62
SDC4P31431 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
SDC4P31431 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
SDC4P31431 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
SDC4P31431 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC31.24■■■□□ 2.59
SDC4P31431 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC31.2■■■□□ 2.58
SDC4P31431 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
SDC4P31431 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
SDC4P31431 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
SDC4P31431 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
SDC4P31431 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
SDC4P31431 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.56
SDC4P31431 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC31.01■■■□□ 2.55
SDC4P31431 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
SDC4P31431 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
SDC4P31431 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC30.9■■■□□ 2.54
SDC4P31431 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.89■■■□□ 2.54
SDC4P31431 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC30.88■■■□□ 2.53
SDC4P31431 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC30.87■■■□□ 2.53
SDC4P31431 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
SDC4P31431 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
SDC4P31431 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.84■■■□□ 2.53
SDC4P31431 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
SDC4P31431 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
SDC4P31431 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC30.77■■■□□ 2.52
SDC4P31431 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.74■■■□□ 2.51
SDC4P31431 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC30.71■■■□□ 2.51
SDC4P31431 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
SDC4P31431 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
SDC4P31431 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
SDC4P31431 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
SDC4P31431 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
SDC4P31431 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
SDC4P31431 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
SDC4P31431 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
SDC4P31431 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
SDC4P31431 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SDC4P31431 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SDC4P31431 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
SDC4P31431 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
SDC4P31431 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
SDC4P31431 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
SDC4P31431 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC30.33■■■□□ 2.45
SDC4P31431 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
SDC4P31431 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
SDC4P31431 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC30.29■■■□□ 2.44
SDC4P31431 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
SDC4P31431 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
SDC4P31431 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms