Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
MSX1P28360 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
MSX1P28360 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.3 ms