Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 TMEM165-205ENST00000508404 1657 ntTSL 222.04■■□□□ 1.125e-14■■■■■ 57.1
LIN28BQ6ZN17 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.095e-14■■■■■ 57.1
LIN28BQ6ZN17 TMEM165-206ENST00000508561 756 ntTSL 515.85■□□□□ 0.135e-14■■■■■ 57.1
LIN28BQ6ZN17 TMEM165-212ENST00000608091 1567 ntTSL 312.58□□□□□ -0.45e-14■■■■■ 57.1
LIN28BQ6ZN17 TMEM165-210ENST00000514904 1522 ntTSL 29.91□□□□□ -0.825e-14■■■■■ 57.1
LIN28BQ6ZN17 TMEM165-207ENST00000509575 570 ntTSL 23.8□□□□□ -1.85e-14■■■■■ 57.1
LIN28BQ6ZN17 PTK2-255ENST00000524202 3014 ntTSL 1 (best)8□□□□□ -1.132e-14■■■■■ 57
LIN28BQ6ZN17 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.946e-35■■■■■ 56.9
LIN28BQ6ZN17 SGTA-204ENST00000589251 637 ntTSL 315.67■□□□□ 0.16e-35■■■■■ 56.9
LIN28BQ6ZN17 SPTAN1-218ENST00000629137 479 ntTSL 210.3□□□□□ -0.762e-23■■■■■ 56.9
LIN28BQ6ZN17 SPTAN1-225ENST00000631121 438 ntTSL 27.93□□□□□ -1.142e-23■■■■■ 56.9
LIN28BQ6ZN17 MKI67-202ENST00000368654 12678 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC8.8□□□□□ -12e-17■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 MKI67-201ENST00000368653 11417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.46□□□□□ -1.542e-17■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 MKI67-205ENST00000484853 733 ntTSL 24.75□□□□□ -1.652e-17■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 SRSF1-206ENST00000583741 1465 ntTSL 523.74■■□□□ 1.394e-10■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.884e-10■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.844e-10■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.64e-10■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 SRSF1-204ENST00000581979 1720 ntTSL 1 (best)13.69□□□□□ -0.224e-10■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 SRSF1-205ENST00000582730 3117 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.224e-10■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 SRSF1-207ENST00000584668 758 ntTSL 39.87□□□□□ -0.837e-12■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 AC015813.2-201ENST00000578794 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC2.95□□□□□ -1.947e-12■■■■■ 56.8
LIN28BQ6ZN17 RBM39-215ENST00000442447 644 ntTSL 218.31■□□□□ 0.526e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.456e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-219ENST00000453310 1068 ntTSL 217.26■□□□□ 0.356e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-213ENST00000433027 611 ntTSL 516.39■□□□□ 0.216e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-208ENST00000416108 577 ntTSL 49.03□□□□□ -0.966e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-218ENST00000449489 432 ntTSL 58.67□□□□□ -1.026e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-209ENST00000416529 594 ntTSL 38.29□□□□□ -1.086e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-220ENST00000455343 441 ntTSL 54.35□□□□□ -1.716e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-211ENST00000426951 840 ntTSL 1 (best)4.2□□□□□ -1.746e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-231ENST00000477334 949 ntTSL 24.2□□□□□ -1.746e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-234ENST00000487604 370 ntTSL 33.93□□□□□ -1.786e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 RBM39-242ENST00000498280 444 ntTSL 32.69□□□□□ -1.986e-19■■■■■ 56.7
LIN28BQ6ZN17 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.043e-7■■■■■ 56.5
LIN28BQ6ZN17 MRPS18B-206ENST00000259873 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.43□□□□□ -0.583e-7■■■■■ 56.4
LIN28BQ6ZN17 MRPS18B-208ENST00000472267 1610 ntTSL 1 (best)11.35□□□□□ -0.593e-7■■■■■ 56.4
LIN28BQ6ZN17 MRPS18B-207ENST00000472229 1409 ntTSL 310.45□□□□□ -0.743e-7■■■■■ 56.4
LIN28BQ6ZN17 MIRLET7I-201ENST00000362309 84 ntBASIC12.93□□□□□ -0.341e-11■■■■■ 56.3
LIN28BQ6ZN17 AC048341.2-201ENST00000550290 8693 ntTSL 4 BASIC6.17□□□□□ -1.421e-11■■■■■ 56.3
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-207ENST00000519926 857 ntTSL 313.89□□□□□ -0.199e-11■■■■■ 56.2
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-203ENST00000517297 927 ntTSL 1 (best)9.4□□□□□ -0.99e-11■■■■■ 56.2
LIN28BQ6ZN17 RCN2-205ENST00000558598 3936 ntTSL 27.81□□□□□ -1.162e-12■■■■■ 56.2
LIN28BQ6ZN17 RCN2-206ENST00000560833 683 ntTSL 24.28□□□□□ -1.722e-12■■■■■ 56.2
LIN28BQ6ZN17 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.87e-11■■■■■ 56.2
LIN28BQ6ZN17 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.37e-11■■■■■ 56.2
LIN28BQ6ZN17 RAN-210ENST00000541630 1475 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.167e-11■■■■■ 56.2
LIN28BQ6ZN17 RAN-211ENST00000541679 572 ntTSL 5 BASIC9.46□□□□□ -0.97e-11■■■■■ 56.2
LIN28BQ6ZN17 RAN-203ENST00000448750 2455 ntTSL 27.56□□□□□ -1.27e-11■■■■■ 56.2
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.581e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.211e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-210ENST00000521352 580 ntTSL 521.82■■□□□ 1.081e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-204ENST00000518546 746 ntTSL 316■□□□□ 0.151e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.131e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-206ENST00000519891 559 ntTSL 415.3■□□□□ 0.041e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-202ENST00000343231 1308 ntTSL 1 (best) BASIC14.79□□□□□ -0.041e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-213ENST00000522007 250 ntTSL 2 BASIC12.4□□□□□ -0.421e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-205ENST00000519272 765 ntTSL 39.75□□□□□ -0.851e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-203ENST00000357763 1482 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.246e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-216ENST00000570083 1270 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.366e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-202ENST00000355906 1443 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.99□□□□□ -0.496e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-209ENST00000565574 1187 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.516e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-218ENST00000613898 1107 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.556e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-201ENST00000228226 960 ntTSL 5 BASIC11.25□□□□□ -0.616e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-204ENST00000398131 1252 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.76e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-212ENST00000567185 1251 ntTSL 510.56□□□□□ -0.726e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-207ENST00000562526 685 ntTSL 3 BASIC10.2□□□□□ -0.786e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-213ENST00000567612 1232 ntTSL 59.23□□□□□ -0.936e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-208ENST00000564499 695 ntTSL 38.68□□□□□ -1.026e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 HP-211ENST00000566821 3024 ntTSL 26.71□□□□□ -1.336e-10■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 LYPLA1-208ENST00000520718 577 ntTSL 1 (best)6.23□□□□□ -1.413e-11■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 ACADM-214ENST00000532207 762 ntTSL 23.6□□□□□ -1.838e-18■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 MAGOH-202ENST00000371470 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.111e-6■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 MAGOH-201ENST00000371466 500 ntTSL 2 BASIC9.81□□□□□ -0.841e-6■■■■■ 56.1
LIN28BQ6ZN17 PTP4A2-213ENST00000532001 911 ntTSL 59.85□□□□□ -0.838e-17■■■■■ 55.8
LIN28BQ6ZN17 PTP4A2-210ENST00000528253 806 ntTSL 58.03□□□□□ -1.128e-17■■■■■ 55.8
LIN28BQ6ZN17 USP22-204ENST00000476111 573 ntTSL 321.1■□□□□ 0.971e-23■■■■■ 55.7
LIN28BQ6ZN17 USP22-209ENST00000579645 1906 ntTSL 520.61■□□□□ 0.891e-23■■■■■ 55.7
LIN28BQ6ZN17 USP22-201ENST00000261497 5220 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.244e-12■■■■■ 55.7
LIN28BQ6ZN17 USP22-211ENST00000584538 554 ntTSL 413.16□□□□□ -0.31e-23■■■■■ 55.7
LIN28BQ6ZN17 USP22-206ENST00000537526 4976 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.424e-12■■■■■ 55.7
LIN28BQ6ZN17 USP22-202ENST00000455117 677 ntTSL 511.65□□□□□ -0.541e-23■■■■■ 55.7
LIN28BQ6ZN17 DYM-207ENST00000578396 755 ntTSL 3 BASIC9.17□□□□□ -0.942e-13■■■■■ 55.7
LIN28BQ6ZN17 STT3A-211ENST00000529196 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.121e-7■■■■■ 55.6
LIN28BQ6ZN17 STT3A-201ENST00000392708 4558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.53□□□□□ -0.881e-7■■■■■ 55.6
LIN28BQ6ZN17 STT3A-214ENST00000531491 2160 ntTSL 2 BASIC6.76□□□□□ -1.331e-7■■■■■ 55.6
LIN28BQ6ZN17 SERPINA3-209ENST00000621603 639 nt8.82□□□□□ -11e-323■■■■■ 55.5
LIN28BQ6ZN17 RBM22-204ENST00000520132 2067 ntTSL 29.98□□□□□ -0.813e-10■■■■■ 55.5
LIN28BQ6ZN17 RBM22-201ENST00000199814 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.53□□□□□ -1.043e-10■■■■■ 55.5
LIN28BQ6ZN17 RBM22-202ENST00000447771 1386 ntTSL 2 BASIC6.97□□□□□ -1.293e-10■■■■■ 55.5
LIN28BQ6ZN17 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.482e-18■■■■■ 55.1
LIN28BQ6ZN17 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.272e-18■■■■■ 55.1
LIN28BQ6ZN17 PRMT2-209ENST00000455177 581 ntTSL 316.04■□□□□ 0.162e-18■■■■■ 55.1
LIN28BQ6ZN17 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.422e-11■■■■■ 55
LIN28BQ6ZN17 PRRC2A-202ENST00000376033 6893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.74□□□□□ -0.532e-11■■■■■ 55
LIN28BQ6ZN17 RPL30P4-201ENST00000429309 333 ntBASIC2.14□□□□□ -2.071e-14■■■■■ 55
LIN28BQ6ZN17 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.535e-15■■■■■ 55
LIN28BQ6ZN17 APAF1-201ENST00000333991 4539 ntTSL 5 BASIC14.8□□□□□ -0.045e-15■■■■■ 55
LIN28BQ6ZN17 APAF1-203ENST00000359972 7029 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.245e-15■■■■■ 55
LIN28BQ6ZN17 APAF1-202ENST00000357310 7055 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.375e-15■■■■■ 55
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 512 ms