Protein–RNA interactions for Protein: P04114

APOB, Apolipoprotein B-100, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 4,563 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
APOBP04114 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
APOBP04114 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
APOBP04114 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
APOBP04114 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC16■□□□□ 0.15
APOBP04114 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
APOBP04114 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
APOBP04114 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
APOBP04114 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
APOBP04114 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
APOBP04114 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
APOBP04114 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
APOBP04114 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
APOBP04114 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
APOBP04114 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
APOBP04114 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
APOBP04114 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
APOBP04114 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
APOBP04114 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
APOBP04114 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
APOBP04114 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
APOBP04114 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
APOBP04114 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
APOBP04114 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
APOBP04114 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
APOBP04114 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
APOBP04114 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
APOBP04114 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
APOBP04114 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
APOBP04114 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
APOBP04114 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
APOBP04114 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
APOBP04114 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
APOBP04114 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
APOBP04114 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
APOBP04114 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
APOBP04114 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
APOBP04114 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
APOBP04114 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
APOBP04114 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
APOBP04114 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
APOBP04114 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
APOBP04114 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
APOBP04114 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
APOBP04114 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
APOBP04114 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
APOBP04114 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
APOBP04114 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
APOBP04114 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
APOBP04114 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
APOBP04114 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
APOBP04114 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
APOBP04114 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
APOBP04114 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
APOBP04114 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
APOBP04114 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
APOBP04114 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
APOBP04114 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
APOBP04114 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
APOBP04114 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
APOBP04114 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
APOBP04114 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
APOBP04114 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
APOBP04114 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
APOBP04114 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
APOBP04114 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
APOBP04114 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
APOBP04114 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
APOBP04114 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
APOBP04114 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
APOBP04114 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.3 ms