Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY59

SMPD3, Sphingomyelin phosphodiesterase 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 655 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD3Q9NY59 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SMPD3Q9NY59 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SMPD3Q9NY59 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
SMPD3Q9NY59 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
SMPD3Q9NY59 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
SMPD3Q9NY59 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMPD3Q9NY59 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMPD3Q9NY59 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
SMPD3Q9NY59 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 122.5 ms