Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.427e-16■■■■■ 51.7
UPF1Q92900 ACTN4-204ENST00000440400 3180 ntTSL 514.82□□□□□ -0.047e-16■■■■■ 51.7
UPF1Q92900 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.287e-8■■■■■ 51.7
UPF1Q92900 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.067e-8■■■■■ 51.7
UPF1Q92900 TSKU-203ENST00000527881 3554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.527e-8■■■■■ 51.7
UPF1Q92900 DNM2-204ENST00000408974 3013 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.188e-11■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 ERN1-201ENST00000433197 7876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.01□□□□□ -0.811e-15■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.067e-15■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.937e-15■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.617e-15■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.817e-15■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.657e-15■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 GANAB-208ENST00000528503 608 ntTSL 215.4■□□□□ 0.066e-25■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 CLSTN3-202ENST00000331148 2288 ntTSL 1 (best)19.79■□□□□ 0.764e-13■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 CLSTN3-207ENST00000537408 4296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.41□□□□□ -0.424e-13■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 CLSTN3-201ENST00000266546 4185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.434e-13■■■■■ 51.6
UPF1Q92900 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.254e-8■■■■■ 51.5
UPF1Q92900 NDRG1-217ENST00000521414 2349 ntTSL 214.75□□□□□ -0.054e-8■■■■■ 51.5
UPF1Q92900 NDRG1-216ENST00000521026 2145 ntTSL 214.58□□□□□ -0.084e-8■■■■■ 51.5
UPF1Q92900 NDRG1-204ENST00000517599 2918 ntTSL 212.45□□□□□ -0.424e-8■■■■■ 51.5
UPF1Q92900 NDRG1-201ENST00000323851 3014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.54e-8■■■■■ 51.5
UPF1Q92900 NDRG1-229ENST00000537882 2975 ntTSL 2 BASIC10.69□□□□□ -0.74e-8■■■■■ 51.5
UPF1Q92900 NDRG1-212ENST00000519278 3983 ntTSL 210.33□□□□□ -0.764e-8■■■■■ 51.5
UPF1Q92900 XPO7-202ENST00000433566 4519 ntTSL 5 BASIC11.81□□□□□ -0.525e-14■■■■■ 51.5
UPF1Q92900 PISD-207ENST00000435900 1723 ntTSL 514.45□□□□□ -0.18e-12■■■■■ 51.5
UPF1Q92900 LLGL1-202ENST00000479155 6004 ntTSL 1 (best)14.37□□□□□ -0.112e-7■■■■■ 51.4
UPF1Q92900 LLGL1-201ENST00000316843 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.18□□□□□ -0.142e-7■■■■■ 51.4
UPF1Q92900 DUSP3-202ENST00000590342 2077 ntTSL 1 (best)17.43■□□□□ 0.384e-9■■■■■ 51.3
UPF1Q92900 SLC16A3-216ENST00000583025 955 ntTSL 227.49■■□□□ 1.995e-15■■■■■ 51.2
UPF1Q92900 SYVN1-212ENST00000530451 656 ntTSL 528.17■■■□□ 2.12e-13■■■■■ 51.1
UPF1Q92900 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.462e-13■■■■■ 51.1
UPF1Q92900 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.322e-13■■■■■ 51.1
UPF1Q92900 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.312e-13■■■■■ 51.1
UPF1Q92900 SYVN1-204ENST00000449943 4547 ntTSL 211.29□□□□□ -0.62e-13■■■■■ 51.1
UPF1Q92900 SYVN1-206ENST00000526060 3144 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.02□□□□□ -0.642e-13■■■■■ 51.1
UPF1Q92900 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.212e-14■■■■■ 51.1
UPF1Q92900 KLF16-202ENST00000541015 1134 ntTSL 1 (best)32.76■■■□□ 2.832e-14■■■■■ 51.1
UPF1Q92900 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.682e-14■■■■■ 51.1
UPF1Q92900 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.153e-11■■■■■ 51
UPF1Q92900 FBXO21-202ENST00000427718 4138 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.193e-11■■■■■ 51
UPF1Q92900 MPDU1-212ENST00000574558 900 ntTSL 315.31■□□□□ 0.043e-9■■■■■ 51
UPF1Q92900 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.864e-8■■■■■ 50.9
UPF1Q92900 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.542e-9■■■■■ 50.9
UPF1Q92900 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.142e-9■■■■■ 50.9
UPF1Q92900 AC104958.2-201ENST00000605955 1141 ntBASIC11.86□□□□□ -0.513e-16■■■■■ 50.9
UPF1Q92900 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.171e-8■■■■■ 50.8
UPF1Q92900 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.761e-8■■■■■ 50.8
UPF1Q92900 MPDU1-203ENST00000396501 1125 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.233e-9■■■■■ 50.8
UPF1Q92900 REEP6-203ENST00000395484 611 ntTSL 517.6■□□□□ 0.413e-13■■■■■ 50.7
UPF1Q92900 EMC1-207ENST00000477853 6664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.734e-8■■■■■ 50.7
UPF1Q92900 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.672e-7■■■■■ 50.7
UPF1Q92900 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.612e-7■■■■■ 50.7
UPF1Q92900 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.514e-8■■■■■ 50.6
UPF1Q92900 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.072e-8■■■■■ 50.6
UPF1Q92900 MGAT1-202ENST00000333055 8863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.044e-8■■■■■ 50.6
UPF1Q92900 MGAT1-205ENST00000446023 3175 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.324e-8■■■■■ 50.6
UPF1Q92900 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC31.55■■■□□ 2.645e-10■■■■■ 50.5
UPF1Q92900 ALDH6A1-202ENST00000553458 5499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.58□□□□□ -1.041e-6■■■■■ 50.5
UPF1Q92900 C16orf58-210ENST00000568491 2422 ntTSL 218.33■□□□□ 0.522e-13■■■■■ 50.5
UPF1Q92900 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.452e-13■■■■■ 50.5
UPF1Q92900 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.432e-13■■■■■ 50.5
UPF1Q92900 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.412e-13■■■■■ 50.5
UPF1Q92900 SAR1A-207ENST00000452767 672 ntTSL 510.76□□□□□ -0.691e-17■■■■■ 50.5
UPF1Q92900 EXOC7-218ENST00000591724 353 ntTSL 516.19■□□□□ 0.182e-10■■■■■ 50.4
UPF1Q92900 ADD1-210ENST00000503455 3206 ntTSL 5 BASIC12.93□□□□□ -0.342e-11■■■■■ 50.4
UPF1Q92900 PTPA-212ENST00000417728 967 ntTSL 312.87□□□□□ -0.352e-15■■■■■ 50.4
UPF1Q92900 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.296e-7■■■■■ 50.3
UPF1Q92900 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.092e-9■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.572e-9■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 TPI1-202ENST00000396705 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.32e-9■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 TPI1-209ENST00000535434 1587 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.012e-9■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 LRRC8E-201ENST00000306708 3595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.362e-9■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 LRRC8E-206ENST00000618098 3743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.63□□□□□ -0.392e-9■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.812e-8■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.521e-15■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.141e-15■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.871e-15■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.73e-7■■■■■ 50.2
UPF1Q92900 HDAC11-210ENST00000425430 1021 ntTSL 223.1■■□□□ 1.291e-9■■■■■ 50.1
UPF1Q92900 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.657e-31■■■■■ 50
UPF1Q92900 PSAP-202ENST00000394936 2872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.137e-31■■■■■ 50
UPF1Q92900 PSAP-201ENST00000394934 2830 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.07□□□□□ -0.167e-31■■■■■ 50
UPF1Q92900 DNM2-219ENST00000591818 538 ntTSL 417.95■□□□□ 0.462e-8■■■■■ 50
UPF1Q92900 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.344e-11■■■■■ 50
UPF1Q92900 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.244e-11■■■■■ 50
UPF1Q92900 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.124e-11■■■■■ 50
UPF1Q92900 DNM2-221ENST00000593203 2507 ntTSL 214.44□□□□□ -0.12e-8■■■■■ 50
UPF1Q92900 DNM2-215ENST00000590806 5651 ntTSL 214.28□□□□□ -0.124e-11■■■■■ 50
UPF1Q92900 WARS-238ENST00000557135 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.572e-43■■■■■ 50
UPF1Q92900 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.283e-43■■■■■ 50
UPF1Q92900 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.25e-24■■■■■ 50
UPF1Q92900 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.685e-24■■■■■ 50
UPF1Q92900 HDGF-203ENST00000368209 2171 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.085e-24■■■■■ 50
UPF1Q92900 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.744e-9■■■■■ 49.9
UPF1Q92900 LPCAT3-203ENST00000535479 2902 ntTSL 1 (best)13.4□□□□□ -0.274e-9■■■■■ 49.9
UPF1Q92900 H2AFX-201ENST00000375167 1373 ntTSL 228.71■■■□□ 2.191e-12■■■■■ 49.9
UPF1Q92900 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.971e-12■■■■■ 49.9
UPF1Q92900 CRCP-204ENST00000398684 492 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.938e-13■■■■■ 49.8
UPF1Q92900 PGPEP1-205ENST00000596962 1237 ntTSL 1 (best)19.54■□□□□ 0.721e-12■■■■■ 49.8
UPF1Q92900 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.496e-8■■■■■ 49.8
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