Protein–RNA interactions for Protein: P0CW19

LIMS3, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS3P0CW19 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
LIMS3P0CW19 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
LIMS3P0CW19 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIMS3P0CW19 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIMS3P0CW19 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms