RNA–Protein interactions for RNA: YDR457W

TOM1, Transcript of E3 ubiquitin ligase of the hect-domain class, yeast

Gene TOM1, Length 9,807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TOM1	YDR457W	SAM37	P50110	327 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	LSB1	P53281	241 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	FRT2	P39734	528 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RPN3	P40016	523 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CCT7	P42943	550 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MTC5	Q03897	1148 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NKP2	Q06162	153 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ALE1	Q08548	619 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NOT3	P06102	836 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VPS33	P20795	691 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NDI1	P32340	513 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	APE4	P38821	490 aa		2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RVS167	P39743	482 aa	Known RBP	2.98	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SCD6	P45978	349 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.98	□□□□□ -1.93	RIP-Chip
TOM1	YDR457W	CEP3	P40969	608 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PMT3	P47190	753 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	INP52	P50942	1183 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	FAP1	P53971	965 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ADE12	P80210	433 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ACL4	Q03771	387 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PYC1	P11154	1178 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	DLD1	P32891	587 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VID28	P40547	921 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SAP155	P43612	1002 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	OCA1	P50946	238 aa	Predicted RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ATG23	Q06671	453 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TUF1	P02992	437 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CNS1	P33313	385 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YJL206C	P39529	758 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SWM2	P40342	146 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MAM33	P40513	266 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YFL034W	P43564	1073 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YCS4	Q06156	1176 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MSC6	Q08818	692 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PRX1	P34227	261 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MRPL10	P36520	322 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	UPF3	P48412	387 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	BDF2	Q07442	638 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	PRM4	Q12498	284 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SPT6	P23615	1451 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CIT1	P00890	479 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	DCD1	P06773	312 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MRP7	P12687	371 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MSH2	P25847	964 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SPC97	P38863	823 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MSH6	Q03834	1242 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NHA1	Q99271	985 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TFC4	P33339	1025 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RPS12	P48589	143 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YGL242C	P53066	181 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	UTP8	P53276	713 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ZPR1	P53303	486 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	HST1	P53685	503 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	RSC3	Q06639	885 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	COS7	Q07788	383 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	CFT1	Q06632	1357 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VMA2	P16140	517 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SER1	P33330	395 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YGR111W	P53265	400 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	COP1	P53622	1201 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	GDE1	Q02979	1223 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SEC10	Q06245	871 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ATG20	Q07528	640 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	TSR3	Q12094	313 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MSB4	Q12317	492 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SSD1	P24276	1250 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.97	□□□□□ -1.93	not detected
TOM1	YDR457W	RPN12	P32496	274 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	XRS2	P33301	854 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	YAP5	P40574	245 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	HGH1	P48362	394 aa	Known RBP	2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	NUT1	P53114	1132 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	MCM16	Q12262	181 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	FRT1	Q99332	602 aa		2.97	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	DBP3	P20447	523 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	VPS34	P22543	875 aa		2.96	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ATP3	P38077	311 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	ESL1	P40456	1118 aa		2.96	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	DPB4	Q04603	196 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	OSW2	Q12202	724 aa		2.96	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	DBP10	Q12389	995 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.93
TOM1	YDR457W	SSM4	P40318	1319 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	RGA1	P39083	1007 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	ADE16	P54113	591 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	MSS116	P15424	664 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	YKL063C	P35725	167 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	MUM2	P38236	366 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	VPS45	P38932	577 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	CLU1	Q03690	1277 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	HPT1	Q04178	221 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	RRP12	Q12754	1228 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	TIM54	P47045	478 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	LOH1	P47055	219 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	RFX1	P48743	811 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	ERP6	P53198	216 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	RPN9	Q04062	393 aa	Known RBP	2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	ARP7	Q12406	477 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	PRE10	P21242	288 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.96	□□□□□ -1.94	RIP-Chip
TOM1	YDR457W	EMP65	P40085	556 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	MAL11	P53048	616 aa		2.96	□□□□□ -1.94
TOM1	YDR457W	CUL3	P53202	744 aa		2.96	□□□□□ -1.94

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