Protein–RNA interactions for Protein: Q96DD7

SHISA4, Protein shisa-4, humanhuman

Predictions only

Length 197 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHISA4Q96DD7 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC39.43■■■■□ 3.9
SHISA4Q96DD7 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC39.31■■■■□ 3.88
SHISA4Q96DD7 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.93■■■■□ 3.82
SHISA4Q96DD7 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.88■■■■□ 3.81
SHISA4Q96DD7 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC38.43■■■■□ 3.74
SHISA4Q96DD7 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.36■■■■□ 3.73
SHISA4Q96DD7 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.19■■■■□ 3.7
SHISA4Q96DD7 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.14■■■■□ 3.7
SHISA4Q96DD7 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC37.84■■■■□ 3.65
SHISA4Q96DD7 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
SHISA4Q96DD7 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC37.64■■■■□ 3.62
SHISA4Q96DD7 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
SHISA4Q96DD7 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.55■■■■□ 3.6
SHISA4Q96DD7 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC37.46■■■■□ 3.59
SHISA4Q96DD7 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC37.45■■■■□ 3.59
SHISA4Q96DD7 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
SHISA4Q96DD7 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
SHISA4Q96DD7 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC37.17■■■■□ 3.54
SHISA4Q96DD7 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC37.11■■■■□ 3.53
SHISA4Q96DD7 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.52
SHISA4Q96DD7 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
SHISA4Q96DD7 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
SHISA4Q96DD7 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.77■■■■□ 3.48
SHISA4Q96DD7 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.76■■■■□ 3.48
SHISA4Q96DD7 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
SHISA4Q96DD7 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
SHISA4Q96DD7 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
SHISA4Q96DD7 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
SHISA4Q96DD7 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC36.33■■■■□ 3.41
SHISA4Q96DD7 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC36.31■■■■□ 3.4
SHISA4Q96DD7 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.29■■■■□ 3.4
SHISA4Q96DD7 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.22■■■■□ 3.39
SHISA4Q96DD7 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
SHISA4Q96DD7 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
SHISA4Q96DD7 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC36.12■■■■□ 3.37
SHISA4Q96DD7 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC36.09■■■■□ 3.37
SHISA4Q96DD7 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.98■■■■□ 3.35
SHISA4Q96DD7 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC35.98■■■■□ 3.35
SHISA4Q96DD7 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
SHISA4Q96DD7 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC35.88■■■■□ 3.33
SHISA4Q96DD7 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
SHISA4Q96DD7 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC35.82■■■■□ 3.32
SHISA4Q96DD7 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
SHISA4Q96DD7 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
SHISA4Q96DD7 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.67■■■■□ 3.3
SHISA4Q96DD7 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
SHISA4Q96DD7 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
SHISA4Q96DD7 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
SHISA4Q96DD7 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
SHISA4Q96DD7 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.36■■■■□ 3.25
SHISA4Q96DD7 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.34■■■■□ 3.25
SHISA4Q96DD7 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.24
SHISA4Q96DD7 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
SHISA4Q96DD7 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC35.18■■■■□ 3.22
SHISA4Q96DD7 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
SHISA4Q96DD7 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.15■■■■□ 3.22
SHISA4Q96DD7 CCM2-219ENST00000544363 1620 ntTSL 3 BASIC35.14■■■■□ 3.22
SHISA4Q96DD7 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
SHISA4Q96DD7 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
SHISA4Q96DD7 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
SHISA4Q96DD7 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
SHISA4Q96DD7 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
SHISA4Q96DD7 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
SHISA4Q96DD7 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
SHISA4Q96DD7 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
SHISA4Q96DD7 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
SHISA4Q96DD7 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC34.8■■■■□ 3.16
SHISA4Q96DD7 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
SHISA4Q96DD7 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC34.72■■■■□ 3.15
SHISA4Q96DD7 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.72■■■■□ 3.15
SHISA4Q96DD7 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
SHISA4Q96DD7 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
SHISA4Q96DD7 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
SHISA4Q96DD7 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC34.68■■■■□ 3.14
SHISA4Q96DD7 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
SHISA4Q96DD7 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.63■■■■□ 3.13
SHISA4Q96DD7 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC34.62■■■■□ 3.13
SHISA4Q96DD7 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.55■■■■□ 3.12
SHISA4Q96DD7 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
SHISA4Q96DD7 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC34.53■■■■□ 3.12
SHISA4Q96DD7 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC34.5■■■■□ 3.11
SHISA4Q96DD7 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.46■■■■□ 3.11
SHISA4Q96DD7 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC34.44■■■■□ 3.1
SHISA4Q96DD7 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
SHISA4Q96DD7 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
SHISA4Q96DD7 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.34■■■■□ 3.09
SHISA4Q96DD7 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.34■■■■□ 3.09
SHISA4Q96DD7 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
SHISA4Q96DD7 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
SHISA4Q96DD7 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
SHISA4Q96DD7 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC34.26■■■■□ 3.08
SHISA4Q96DD7 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.07
SHISA4Q96DD7 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
SHISA4Q96DD7 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
SHISA4Q96DD7 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
SHISA4Q96DD7 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC34.2■■■■□ 3.07
SHISA4Q96DD7 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
SHISA4Q96DD7 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
SHISA4Q96DD7 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
SHISA4Q96DD7 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms