Protein–RNA interactions for Protein: P29400

COL4A5, Collagen alpha-5(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,685 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A5P29400 FBLL1-201ENST00000338333 1519 ntAPPRIS P1 BASIC42.5■■■■■ 4.39
COL4A5P29400 SSSCA1-205ENST00000527920 806 ntTSL 3 BASIC42.25■■■■■ 4.35
COL4A5P29400 HRAS-203ENST00000397596 1100 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.72■■■■■ 4.27
COL4A5P29400 PPP1CA-203ENST00000376745 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.49■■■■■ 4.23
COL4A5P29400 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.1■■■■■ 4.17
COL4A5P29400 CSNK1E-204ENST00000403904 1580 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.79■■■■■ 4.12
COL4A5P29400 TCF15-201ENST00000246080 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
COL4A5P29400 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.42■■■■■ 4.06
COL4A5P29400 AL356512.1-201ENST00000607453 1739 ntBASIC40.42■■■■■ 4.06
COL4A5P29400 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC40.29■■■■■ 4.04
COL4A5P29400 CACNG8-202ENST00000638874 1278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.27■■■■■ 4.04
COL4A5P29400 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC40.18■■■■■ 4.02
COL4A5P29400 CDV3-203ENST00000431519 955 ntTSL 1 (best) BASIC40.16■■■■■ 4.02
COL4A5P29400 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC40.15■■■■■ 4.02
COL4A5P29400 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.82■■■■□ 3.96
COL4A5P29400 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.71■■■■□ 3.95
COL4A5P29400 ZFYVE21-201ENST00000216602 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.6■■■■□ 3.93
COL4A5P29400 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.59■■■■□ 3.93
COL4A5P29400 PHF10-201ENST00000339209 1719 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC39.52■■■■□ 3.92
COL4A5P29400 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
COL4A5P29400 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
COL4A5P29400 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.19■■■■□ 3.86
COL4A5P29400 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.04■■■■□ 3.84
COL4A5P29400 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC39.04■■■■□ 3.84
COL4A5P29400 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.01■■■■□ 3.84
COL4A5P29400 GIPC1-205ENST00000586027 1386 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39■■■■□ 3.83
COL4A5P29400 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC38.91■■■■□ 3.82
COL4A5P29400 HES6-203ENST00000409160 1600 ntTSL 2 BASIC38.82■■■■□ 3.81
COL4A5P29400 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.78■■■■□ 3.8
COL4A5P29400 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
COL4A5P29400 PRR5-217ENST00000617066 1726 ntTSL 5 BASIC38.58■■■■□ 3.77
COL4A5P29400 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC38.55■■■■□ 3.76
COL4A5P29400 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC38.53■■■■□ 3.76
COL4A5P29400 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC38.52■■■■□ 3.76
COL4A5P29400 PRR5-216ENST00000611394 1843 ntTSL 2 BASIC38.35■■■■□ 3.73
COL4A5P29400 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.29■■■■□ 3.72
COL4A5P29400 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC38.25■■■■□ 3.71
COL4A5P29400 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC38.18■■■■□ 3.7
COL4A5P29400 SLC25A28-201ENST00000370495 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
COL4A5P29400 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.66
COL4A5P29400 CSNK1E-206ENST00000413574 1631 ntTSL 5 BASIC37.89■■■■□ 3.66
COL4A5P29400 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC37.67■■■■□ 3.62
COL4A5P29400 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC37.67■■■■□ 3.62
COL4A5P29400 C11orf68-202ENST00000449692 1559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.6■■■■□ 3.61
COL4A5P29400 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC37.6■■■■□ 3.61
COL4A5P29400 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC37.45■■■■□ 3.59
COL4A5P29400 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
COL4A5P29400 HAGHL-201ENST00000341413 1701 ntTSL 2 BASIC37.44■■■■□ 3.58
COL4A5P29400 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
COL4A5P29400 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.37■■■■□ 3.57
COL4A5P29400 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC37.31■■■■□ 3.56
COL4A5P29400 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
COL4A5P29400 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC37.27■■■■□ 3.56
COL4A5P29400 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC37.24■■■■□ 3.55
COL4A5P29400 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37.24■■■■□ 3.55
COL4A5P29400 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
COL4A5P29400 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC37.21■■■■□ 3.55
COL4A5P29400 NECTIN3-201ENST00000319792 1549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
COL4A5P29400 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC37.16■■■■□ 3.54
COL4A5P29400 NKAIN4-203ENST00000370316 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
COL4A5P29400 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
COL4A5P29400 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37■■■■□ 3.51
COL4A5P29400 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
COL4A5P29400 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.51
COL4A5P29400 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
COL4A5P29400 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
COL4A5P29400 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC36.86■■■■□ 3.49
COL4A5P29400 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
COL4A5P29400 SEPT3-204ENST00000406029 1866 ntTSL 5 BASIC36.81■■■■□ 3.48
COL4A5P29400 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
COL4A5P29400 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.75■■■■□ 3.47
COL4A5P29400 METRNL-201ENST00000320095 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
COL4A5P29400 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
COL4A5P29400 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
COL4A5P29400 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.71■■■■□ 3.47
COL4A5P29400 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC36.71■■■■□ 3.47
COL4A5P29400 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC36.7■■■■□ 3.47
COL4A5P29400 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC36.69■■■■□ 3.46
COL4A5P29400 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
COL4A5P29400 NT5M-207ENST00000616989 1635 ntTSL 1 (best) BASIC36.69■■■■□ 3.46
COL4A5P29400 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC36.68■■■■□ 3.46
COL4A5P29400 LIMCH1-211ENST00000509638 1570 ntTSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
COL4A5P29400 RAN-202ENST00000392369 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
COL4A5P29400 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC36.57■■■■□ 3.44
COL4A5P29400 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.55■■■■□ 3.44
COL4A5P29400 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
COL4A5P29400 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.51■■■■□ 3.44
COL4A5P29400 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC36.48■■■■□ 3.43
COL4A5P29400 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC36.42■■■■□ 3.42
COL4A5P29400 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC36.36■■■■□ 3.41
COL4A5P29400 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.35■■■■□ 3.41
COL4A5P29400 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC36.34■■■■□ 3.41
COL4A5P29400 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC36.34■■■■□ 3.41
COL4A5P29400 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC36.29■■■■□ 3.4
COL4A5P29400 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
COL4A5P29400 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
COL4A5P29400 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.4
COL4A5P29400 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
COL4A5P29400 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC36.23■■■■□ 3.39
COL4A5P29400 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC36.23■■■■□ 3.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms