Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUD5

ZCCHC3, Zinc finger CCHC domain-containing protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZCCHC3Q9NUD5 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
ZCCHC3Q9NUD5 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
ZCCHC3Q9NUD5 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
ZCCHC3Q9NUD5 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
ZCCHC3Q9NUD5 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
ZCCHC3Q9NUD5 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms