Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRW3

APOBEC3C, DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3C, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 190 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
APOBEC3CQ9NRW3 PTGES3-203ENST00000436399 941 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 05e-7■■■□□ 18.8
APOBEC3CQ9NRW3 GANAB-201ENST00000346178 3906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.29□□□□□ -0.762e-6■■■□□ 18.7
APOBEC3CQ9NRW3 GANAB-216ENST00000540933 3836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.23□□□□□ -0.772e-6■■■□□ 18.7
APOBEC3CQ9NRW3 GANAB-211ENST00000532402 3718 ntTSL 1 (best)10.04□□□□□ -0.82e-6■■■□□ 18.7
APOBEC3CQ9NRW3 SRRM2-216ENST00000573583 543 ntTSL 410.11□□□□□ -0.794e-13■■■□□ 18.7
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.614e-7■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.564e-7■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-219ENST00000470040 2548 ntTSL 214.37□□□□□ -0.114e-7■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 GUK1-232ENST00000486668 738 ntTSL 314.11□□□□□ -0.154e-7■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 VASP-202ENST00000586014 1725 ntTSL 520.62■□□□□ 0.891e-26■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.21e-26■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 KPNA4-201ENST00000334256 8981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.41□□□□□ -0.423e-6■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.573e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 RRBP1-207ENST00000468428 2200 ntTSL 216.1■□□□□ 0.173e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.163e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.163e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 PSME1-207ENST00000560420 922 ntTSL 216.02■□□□□ 0.163e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 PSME1-201ENST00000206451 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.153e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.023e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 PSME1-209ENST00000561142 865 ntTSL 514.78□□□□□ -0.043e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 RRBP1-202ENST00000360807 3727 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.313e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 PSME1-210ENST00000561435 945 ntTSL 2 BASIC12.53□□□□□ -0.43e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 RRBP1-201ENST00000246043 4737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.34□□□□□ -0.433e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 RRBP1-210ENST00000610403 3309 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.573e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 PSME1-206ENST00000559741 763 ntTSL 310.93□□□□□ -0.663e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 RRBP1-203ENST00000377807 3792 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.75□□□□□ -0.693e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 PSME1-204ENST00000558112 651 ntTSL 510.31□□□□□ -0.763e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 RNA5SP325-201ENST00000363756 130 ntBASIC0.56□□□□□ -2.323e-8■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.61e-7■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.351e-7■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 SREBF2-202ENST00000424354 5699 ntTSL 1 (best)13.44□□□□□ -0.261e-7■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 SREBF2-208ENST00000491541 4043 ntTSL 1 (best)9.24□□□□□ -0.931e-7■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 BNIP3L-201ENST00000380629 3610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.38□□□□□ -0.438e-10■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 BNIP3L-207ENST00000523949 875 ntTSL 310.45□□□□□ -0.748e-10■■■□□ 18.6
APOBEC3CQ9NRW3 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.579e-9■■■□□ 18.3
APOBEC3CQ9NRW3 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.479e-9■■■□□ 18.3
APOBEC3CQ9NRW3 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.069e-9■■■□□ 18.3
APOBEC3CQ9NRW3 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.139e-9■■■□□ 18.3
APOBEC3CQ9NRW3 MTA2-202ENST00000524902 2577 ntTSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.529e-9■■■□□ 18.3
APOBEC3CQ9NRW3 RANBP1-210ENST00000435265 1879 ntTSL 220.46■□□□□ 0.876e-8■■■□□ 18.2
APOBEC3CQ9NRW3 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.086e-8■■■□□ 18.2
APOBEC3CQ9NRW3 PTMS-205ENST00000540828 644 ntTSL 1 (best)23.12■■□□□ 1.297e-8■■■□□ 18.1
APOBEC3CQ9NRW3 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.167e-8■■■□□ 18.1
APOBEC3CQ9NRW3 PTMS-203ENST00000538057 976 ntTSL 221.83■■□□□ 1.097e-8■■■□□ 18.1
APOBEC3CQ9NRW3 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.847e-8■■■□□ 18.1
APOBEC3CQ9NRW3 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.457e-8■■■□□ 18.1
APOBEC3CQ9NRW3 PTMS-204ENST00000540667 820 ntTSL 215.18■□□□□ 0.027e-8■■■□□ 18.1
APOBEC3CQ9NRW3 PRG2-202ENST00000525955 1367 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.249e-13■■■□□ 18
APOBEC3CQ9NRW3 PRG2-201ENST00000311862 1424 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.079e-13■■■□□ 18
APOBEC3CQ9NRW3 AP000781.2-201ENST00000534081 1639 ntTSL 214.47□□□□□ -0.099e-13■■■□□ 18
APOBEC3CQ9NRW3 PRG2-203ENST00000530105 1048 ntTSL 514.22□□□□□ -0.139e-13■■■□□ 18
APOBEC3CQ9NRW3 PRG2-204ENST00000533605 1350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.19□□□□□ -0.469e-13■■■□□ 18
APOBEC3CQ9NRW3 NDUFS7-207ENST00000538523 931 ntTSL 218.97■□□□□ 0.633e-6■■■□□ 17.9
APOBEC3CQ9NRW3 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.513e-6■■■□□ 17.9
APOBEC3CQ9NRW3 NDUFS7-208ENST00000538662 1186 ntTSL 216.51■□□□□ 0.233e-6■■■□□ 17.9
APOBEC3CQ9NRW3 NDUFS7-209ENST00000538929 630 ntTSL 416.25■□□□□ 0.193e-6■■■□□ 17.9
APOBEC3CQ9NRW3 NDUFS7-203ENST00000414651 841 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.013e-6■■■□□ 17.9
APOBEC3CQ9NRW3 NDUFS7-204ENST00000436115 2879 ntTSL 513.88□□□□□ -0.193e-6■■■□□ 17.9
APOBEC3CQ9NRW3 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.272e-6■■■□□ 17.9
APOBEC3CQ9NRW3 GOLGA2-214ENST00000611957 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.622e-6■■■□□ 17.9
APOBEC3CQ9NRW3 GOLGA2-201ENST00000421699 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.672e-6■■■□□ 17.9
APOBEC3CQ9NRW3 PNPLA2-204ENST00000529255 1301 ntTSL 1 (best)19■□□□□ 0.635e-8■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 PNPLA2-202ENST00000525250 2726 ntTSL 218.32■□□□□ 0.525e-8■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.55e-8■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.532e-6■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.362e-6■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 SLC39A7-204ENST00000463972 1410 ntTSL 213.84□□□□□ -0.192e-6■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 DDX21-202ENST00000620315 4829 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -03e-12■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 DDX21-201ENST00000354185 4711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.33□□□□□ -1.083e-12■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 RASSF1-207ENST00000482447 1711 ntTSL 1 (best)23.38■■□□□ 1.333e-11■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 13e-11■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 CANX-218ENST00000514032 1876 ntTSL 221.22■□□□□ 0.997e-8■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.753e-11■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.743e-11■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 RASSF1-204ENST00000395117 1745 ntTSL 219.48■□□□□ 0.713e-11■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.653e-6■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.633e-11■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.37e-8■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.293e-11■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.253e-6■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 CANX-209ENST00000504734 2232 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.527e-8■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 CANX-210ENST00000505090 485 ntTSL 210.89□□□□□ -0.677e-8■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 ETFB-202ENST00000354232 3551 ntTSL 1 (best) BASIC10.06□□□□□ -0.87e-8■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.359e-7■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 FDPS-202ENST00000368356 1431 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.269e-7■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.29e-7■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 FDPS-206ENST00000467076 1178 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.219e-7■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 FDPS-217ENST00000492244 673 ntTSL 313.13□□□□□ -0.319e-7■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 FDPS-215ENST00000490140 680 ntTSL 213.13□□□□□ -0.319e-7■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 FDPS-220ENST00000611010 1196 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.319e-7■■■□□ 17.8
APOBEC3CQ9NRW3 NAA10-202ENST00000370011 538 ntTSL 517.01■□□□□ 0.311e-8■■■□□ 17.7
APOBEC3CQ9NRW3 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.993e-8■■■□□ 17.7
APOBEC3CQ9NRW3 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.513e-8■■■□□ 17.7
APOBEC3CQ9NRW3 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.483e-8■■■□□ 17.7
APOBEC3CQ9NRW3 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.323e-8■■■□□ 17.7
APOBEC3CQ9NRW3 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.313e-8■■■□□ 17.7
APOBEC3CQ9NRW3 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.283e-8■■■□□ 17.7
APOBEC3CQ9NRW3 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.213e-8■■■□□ 17.7
APOBEC3CQ9NRW3 PDCD6-204ENST00000506909 458 ntTSL 314.76□□□□□ -0.053e-8■■■□□ 17.7
APOBEC3CQ9NRW3 PDCD6-201ENST00000264933 1135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.123e-8■■■□□ 17.7
Retrieved 100 of 4,302 protein–RNA pairs in 142.9 ms