Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
USP28Q96RU2 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP28Q96RU2 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.24
USP28Q96RU2 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP28Q96RU2 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.89■■■□□ 2.22
USP28Q96RU2 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
USP28Q96RU2 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms