Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC40Q4G0X9 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC40Q4G0X9 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC40Q4G0X9 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC40Q4G0X9 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC40Q4G0X9 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC40Q4G0X9 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC40Q4G0X9 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC40Q4G0X9 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
CCDC40Q4G0X9 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.82■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CCDC40Q4G0X9 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
CCDC40Q4G0X9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC40Q4G0X9 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC40Q4G0X9 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms