Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AC004982.2-201ENST00000609497 1578 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CAMKK2-206ENST00000402834 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC112Q8NEF3 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 NUDT15-201ENST00000258662 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC112Q8NEF3 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms