Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.769e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 GTF2F1-204ENST00000594965 762 ntTSL 319.76■□□□□ 0.751e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-214ENST00000476542 536 ntTSL 219.72■□□□□ 0.752e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-212ENST00000435894 484 ntTSL 419.72■□□□□ 0.752e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MTFR1L-206ENST00000464008 1201 ntTSL 519.66■□□□□ 0.741e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.749e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LYSMD4-205ENST00000450512 559 ntTSL 419.64■□□□□ 0.739e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 C14orf80-214ENST00000460959 781 ntTSL 219.62■□□□□ 0.739e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC19.58■□□□□ 0.739e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EFEMP2-220ENST00000533347 1040 ntTSL 219.58■□□□□ 0.729e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.57■□□□□ 0.729e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.721e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LRCH4-204ENST00000476881 1675 ntTSL 219.52■□□□□ 0.719e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TMEM98-201ENST00000261713 826 ntTSL 319.45■□□□□ 0.79e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TXNRD2-202ENST00000400518 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.79e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSTA3-215ENST00000532308 951 ntTSL 519.43■□□□□ 0.72e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PPP1R37-202ENST00000422370 5943 ntTSL 1 (best)19.43■□□□□ 0.79e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TMEM98-203ENST00000395149 808 ntTSL 219.41■□□□□ 0.79e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RIPOR1-221ENST00000569253 1874 ntTSL 219.33■□□□□ 0.689e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RBM38-202ENST00000344785 2193 ntTSL 519.28■□□□□ 0.689e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.669e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-201ENST00000232165 5051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.644e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.649e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LYSMD4-208ENST00000493256 880 ntTSL 319■□□□□ 0.639e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TXNRD2-209ENST00000474308 1854 ntTSL 218.99■□□□□ 0.639e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.632e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EFEMP2-215ENST00000531005 2135 ntTSL 518.91■□□□□ 0.629e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RPLP1-204ENST00000488122 940 ntTSL 218.89■□□□□ 0.619e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MTFR1L-217ENST00000526158 815 ntTSL 318.89■□□□□ 0.611e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.619e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 SETD6-213ENST00000492050 706 ntTSL 318.71■□□□□ 0.592e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.599e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.589e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.589e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DDR1-255ENST00000504927 542 ntTSL 418.66■□□□□ 0.589e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.579e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.549e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.541e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSTA3-213ENST00000531006 860 ntTSL 218.41■□□□□ 0.542e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.549e-8■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.539e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.533e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.529e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.529e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DDR1-274ENST00000513749 584 ntTSL 518.3■□□□□ 0.529e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DDR1-266ENST00000511510 547 ntTSL 518.3■□□□□ 0.529e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.529e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.511e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.59e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CERS5-226ENST00000551697 2260 ntTSL 518.15■□□□□ 0.59e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LARGE2-205ENST00000528236 2294 ntTSL 218.11■□□□□ 0.496e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MED26-204ENST00000598608 742 ntTSL 318.06■□□□□ 0.489e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 KLC2-210ENST00000475757 1073 ntTSL 218.06■□□□□ 0.489e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.489e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.489e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DDR1-265ENST00000509639 615 ntTSL 418.02■□□□□ 0.489e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DDR1-259ENST00000507046 573 ntTSL 418.02■□□□□ 0.489e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EHBP1L1-205ENST00000529099 490 ntTSL 517.99■□□□□ 0.479e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.479e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TXNRD2-213ENST00000487165 2020 ntTSL 1 (best)17.96■□□□□ 0.479e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.469e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EHBP1L1-206ENST00000529596 799 ntTSL 517.93■□□□□ 0.469e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MYO19-223ENST00000620869 574 ntTSL 417.93■□□□□ 0.469e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RIPOR1-214ENST00000566559 2251 ntTSL 517.79■□□□□ 0.449e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.439e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.429e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EIF4A1-216ENST00000580888 710 ntTSL 217.67■□□□□ 0.422e-21■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.421e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.429e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.49e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.49e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 LRCH4-202ENST00000467201 4754 ntTSL 217.52■□□□□ 0.49e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.44■□□□□ 0.384e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 CERS5-207ENST00000546514 522 ntTSL 417.37■□□□□ 0.379e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.379e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.379e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 GTF2F1-205ENST00000595047 1382 ntTSL 517.26■□□□□ 0.351e-9■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ST3GAL3-225ENST00000489897 998 ntTSL 517.24■□□□□ 0.359e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MED26-205ENST00000600060 478 ntTSL 217.23■□□□□ 0.359e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 ATAD3A-204ENST00000400830 603 ntTSL 517.19■□□□□ 0.349e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 APOC4-APOC2-201ENST00000585685 1829 ntTSL 517.17■□□□□ 0.349e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EFEMP2-217ENST00000531972 1813 ntTSL 1 (best)17.14■□□□□ 0.339e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.339e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 UBE3A-218ENST00000629252 1112 ntTSL 517.08■□□□□ 0.324e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 BLVRB-203ENST00000597870 1392 ntTSL 517.07■□□□□ 0.329e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.323e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.329e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DDR1-280ENST00000515881 956 ntTSL 317.01■□□□□ 0.319e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MVK-216ENST00000636996 1725 ntTSL 516.99■□□□□ 0.319e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 COBL-203ENST00000395542 5339 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.39e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 INVS-205ENST00000466647 767 ntTSL 316.92■□□□□ 0.39e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NCOR2-207ENST00000420698 1752 ntTSL 216.92■□□□□ 0.39e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.39e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 EHBP1L1-209ENST00000533364 769 ntTSL 216.9■□□□□ 0.39e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NACC2-201ENST00000277554 6899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.299e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 TSTA3-211ENST00000529899 568 ntTSL 216.82■□□□□ 0.282e-6■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 NEU4-207ENST00000420288 845 ntTSL 316.81■□□□□ 0.282e-12■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 DDR1-241ENST00000460944 1248 ntTSL 516.78■□□□□ 0.289e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.279e-7■■■■□ 24.7
SF3A3Q12874 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.279e-7■■■■□ 24.7
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