RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000594965.1

GTF2F1-204, Transcript of general transcription factor IIF subunit 1, humanhuman

TSL 3

Gene GTF2F1, Length 762 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GTF2F1-204ENST00000594965 NISCHQ9Y2I1 1504 aa55.04■■■■■ 6.4
GTF2F1-204ENST00000594965 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa49.12■■■■■ 5.45
GTF2F1-204ENST00000594965 ABCC9O60706 1549 aa48.32■■■■■ 5.33
GTF2F1-204ENST00000594965 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa46.33■■■■■ 5.01
GTF2F1-204ENST00000594965 NACADO15069 1562 aa46.2■■■■■ 4.99
GTF2F1-204ENST00000594965 DCAF8L2P0C7V8 631 aa46.01■■■■■ 4.96
GTF2F1-204ENST00000594965 MYO15BQ96JP2 1530 aa45.82■■■■■ 4.92
GTF2F1-204ENST00000594965 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP45.78■■■■■ 4.92
GTF2F1-204ENST00000594965 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa45.51■■■■■ 4.88
GTF2F1-204ENST00000594965 UNC13AQ9UPW8 1703 aa45.46■■■■■ 4.87
GTF2F1-204ENST00000594965 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP45.08■■■■■ 4.81
GTF2F1-204ENST00000594965 BICRAQ9NZM4 1560 aa45.04■■■■■ 4.8
GTF2F1-204ENST00000594965 SCRIBQ14160 1630 aa44.77■■■■■ 4.76
GTF2F1-204ENST00000594965 DNAJC5BQ9UF47 199 aa44.71■■■■■ 4.75
GTF2F1-204ENST00000594965 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa44.4■■■■■ 4.7
GTF2F1-204ENST00000594965 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP43.82■■■■■ 4.61
GTF2F1-204ENST00000594965 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa43.74■■■■■ 4.59
GTF2F1-204ENST00000594965 CECR2Q9BXF3 1484 aa43.44■■■■■ 4.54
GTF2F1-204ENST00000594965 SMARCA4P51532 1647 aa42.81■■■■■ 4.44
GTF2F1-204ENST00000594965 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP42.65■■■■■ 4.42
GTF2F1-204ENST00000594965 NCAPD3P42695 1498 aa42.63■■■■■ 4.42
GTF2F1-204ENST00000594965 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa42.62■■■■■ 4.41
GTF2F1-204ENST00000594965 SMARCA2P51531 1590 aa42.52■■■■■ 4.4
GTF2F1-204ENST00000594965 MROH2BQ7Z745 1585 aa42.44■■■■■ 4.38
GTF2F1-204ENST00000594965 HMGXB3Q12766 1538 aa42.41■■■■■ 4.38
GTF2F1-204ENST00000594965 PEG3Q9GZU2 1588 aa42.39■■■■■ 4.38
GTF2F1-204ENST00000594965 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP42.22■■■■■ 4.35
GTF2F1-204ENST00000594965 WIZO95785 1651 aa42■■■■■ 4.31
GTF2F1-204ENST00000594965 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP41.79■■■■■ 4.28
GTF2F1-204ENST00000594965 NESP48681 1621 aa41.76■■■■■ 4.28
GTF2F1-204ENST00000594965 ERCC6Q03468 1493 aa41.61■■■■■ 4.25
GTF2F1-204ENST00000594965 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa41.58■■■■■ 4.25
GTF2F1-204ENST00000594965 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP41.47■■■■■ 4.23
GTF2F1-204ENST00000594965 CADPSQ9ULU8 1353 aa41.35■■■■■ 4.21
GTF2F1-204ENST00000594965 CUX2O14529 1486 aa41.33■■■■■ 4.21
GTF2F1-204ENST00000594965 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa41.32■■■■■ 4.2
GTF2F1-204ENST00000594965 PDS5BQ9NTI5 1447 aa41.23■■■■■ 4.19
GTF2F1-204ENST00000594965 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP41.23■■■■■ 4.19
GTF2F1-204ENST00000594965 CFTRP13569 1480 aa41.06■■■■■ 4.16
GTF2F1-204ENST00000594965 CCDC88BA6NC98 1476 aa40.99■■■■■ 4.15
GTF2F1-204ENST00000594965 FANCD2Q9BXW9 1451 aa40.89■■■■■ 4.14
GTF2F1-204ENST00000594965 MRC2Q9UBG0 1479 aa40.88■■■■■ 4.13
GTF2F1-204ENST00000594965 CEP164Q9UPV0 1460 aa40.85■■■■■ 4.13
GTF2F1-204ENST00000594965 PRDM2Q13029 1718 aa40.85■■■■■ 4.13
GTF2F1-204ENST00000594965 WDR62O43379 1518 aa40.8■■■■■ 4.12
GTF2F1-204ENST00000594965 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP40.55■■■■■ 4.08
GTF2F1-204ENST00000594965 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa40.46■■■■■ 4.07
GTF2F1-204ENST00000594965 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.41■■■■■ 4.06
GTF2F1-204ENST00000594965 TOPBP1Q92547 1522 aa40.22■■■■■ 4.03
GTF2F1-204ENST00000594965 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.15■■■■■ 4.02
GTF2F1-204ENST00000594965 ABCC8Q09428 1581 aa40.14■■■■■ 4.02
GTF2F1-204ENST00000594965 IFT140Q96RY7 1462 aa40.01■■■■■ 4
GTF2F1-204ENST00000594965 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP39.92■■■■□ 3.98
GTF2F1-204ENST00000594965 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP39.86■■■■□ 3.97
GTF2F1-204ENST00000594965 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP39.85■■■■□ 3.97
GTF2F1-204ENST00000594965 CUX1P39880 1505 aa39.82■■■■□ 3.97
GTF2F1-204ENST00000594965 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP39.76■■■■□ 3.95
GTF2F1-204ENST00000594965 FGD5Q6ZNL6 1462 aa39.71■■■■□ 3.95
GTF2F1-204ENST00000594965 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa39.7■■■■□ 3.95
GTF2F1-204ENST00000594965 SOGA1O94964 1423 aa39.65■■■■□ 3.94
GTF2F1-204ENST00000594965 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP39.62■■■■□ 3.939e-7■□□□□ 8.2
GTF2F1-204ENST00000594965 OSCARQ8IYS5 282 aa39.52■■■■□ 3.92
GTF2F1-204ENST00000594965 WDR97A6NE52 1622 aa39.5■■■■□ 3.91
GTF2F1-204ENST00000594965 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP39.47■■■■□ 3.91
GTF2F1-204ENST00000594965 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.42■■■■□ 3.9
GTF2F1-204ENST00000594965 TOP2BQ02880 1626 aa39.39■■■■□ 3.9
GTF2F1-204ENST00000594965 SYNJ1O43426 1573 aa39.38■■■■□ 3.9
GTF2F1-204ENST00000594965 CHD1O14646 1710 aa39.38■■■■□ 3.89
GTF2F1-204ENST00000594965 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP39.38■■■■□ 3.89
GTF2F1-204ENST00000594965 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa39.3■■■■□ 3.88
GTF2F1-204ENST00000594965 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa39.24■■■■□ 3.87
GTF2F1-204ENST00000594965 PBRM1Q86U86 1689 aa39.24■■■■□ 3.87
GTF2F1-204ENST00000594965 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.23■■■■□ 3.87
GTF2F1-204ENST00000594965 GRIN2BQ13224 1484 aa39.22■■■■□ 3.87
GTF2F1-204ENST00000594965 GAPVD1Q14C86 1478 aa39.2■■■■□ 3.87
GTF2F1-204ENST00000594965 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP39.16■■■■□ 3.86
GTF2F1-204ENST00000594965 FBLN2P98095 1184 aa39.13■■■■□ 3.85
GTF2F1-204ENST00000594965 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa39.04■■■■□ 3.84
GTF2F1-204ENST00000594965 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa39.04■■■■□ 3.84
GTF2F1-204ENST00000594965 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa39.04■■■■□ 3.84
GTF2F1-204ENST00000594965 SYNJ2O15056 1496 aa39.02■■■■□ 3.84
GTF2F1-204ENST00000594965 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP38.97■■■■□ 3.83
GTF2F1-204ENST00000594965 ARHGEF11O15085 1522 aa38.95■■■■□ 3.83
GTF2F1-204ENST00000594965 TRIM41Q8WV44 630 aa38.94■■■■□ 3.82
GTF2F1-204ENST00000594965 CLASP1Q7Z460 1538 aa38.89■■■■□ 3.82
GTF2F1-204ENST00000594965 ADAMTS12P58397 1594 aa38.86■■■■□ 3.81
GTF2F1-204ENST00000594965 ERICH3Q5RHP9 1530 aa38.82■■■■□ 3.8
GTF2F1-204ENST00000594965 GRIN2AQ12879 1464 aa38.74■■■■□ 3.79
GTF2F1-204ENST00000594965 FHAD1B1AJZ9 1412 aa38.72■■■■□ 3.79
GTF2F1-204ENST00000594965 ARAP1Q96P48 1450 aa38.63■■■■□ 3.77
GTF2F1-204ENST00000594965 CEP170Q5SW79 1584 aa38.62■■■■□ 3.77
GTF2F1-204ENST00000594965 NUP160Q12769 1436 aa38.6■■■■□ 3.77
GTF2F1-204ENST00000594965 KIF27Q86VH2 1401 aa38.55■■■■□ 3.76
GTF2F1-204ENST00000594965 CYB5RLQ6IPT4 315 aa38.55■■■■□ 3.76
GTF2F1-204ENST00000594965 IGF1RP08069 1367 aa38.48■■■■□ 3.75
GTF2F1-204ENST00000594965 CUL7Q14999 1698 aa38.43■■■■□ 3.74
GTF2F1-204ENST00000594965 SHROOM2Q13796 1616 aa38.4■■■■□ 3.74
GTF2F1-204ENST00000594965 ERCC6L2Q5T890 1561 aa38.37■■■■□ 3.73
GTF2F1-204ENST00000594965 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa38.29■■■■□ 3.72
GTF2F1-204ENST00000594965 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa38.23■■■■□ 3.71
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13.7 ms