Protein–RNA interactions for Protein: Q99801

NKX3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 234 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-1Q99801 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NKX3-1Q99801 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NKX3-1Q99801 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
NKX3-1Q99801 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX3-1Q99801 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX3-1Q99801 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX3-1Q99801 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX3-1Q99801 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
NKX3-1Q99801 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
NKX3-1Q99801 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms