Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.33■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.32■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC39.32■■■■□ 3.89
TCOF1Q13428 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.31■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.3■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC39.3■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.3■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.3■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.28■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.28■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC39.28■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC39.28■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.27■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC39.27■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.27■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.26■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC39.26■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC39.26■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC39.26■■■■□ 3.88
TCOF1Q13428 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC39.24■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC39.24■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.24■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC39.22■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.21■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC39.21■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.21■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.21■■■■□ 3.87
TCOF1Q13428 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC39.19■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC39.19■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC39.18■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC39.16■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC39.16■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC39.16■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC39.15■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC39.14■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC39.14■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC39.13■■■■□ 3.86
TCOF1Q13428 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC39.13■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.1■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC39.1■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC39.09■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC39.09■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC39.08■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.85
TCOF1Q13428 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.05■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.05■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC39.05■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC39.05■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.04■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC39.04■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC39.04■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.03■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.02■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.02■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC39.02■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.01■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC39.01■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC39.01■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC39.01■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.01■■■■□ 3.84
TCOF1Q13428 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.01■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC39■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC39■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.99■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.99■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC38.99■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.98■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC38.98■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.98■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC38.98■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.98■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.97■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.97■■■■□ 3.83
TCOF1Q13428 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.96■■■■□ 3.83
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