RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000483851.6

SHOX2-204, Transcript of short stature homeobox 2, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC

Gene SHOX2, Length 1,866 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2-204ENST00000483851 NISCHQ9Y2I1 1504 aa59.29■■■■■ 7.08
SHOX2-204ENST00000483851 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa51.76■■■■■ 5.88
SHOX2-204ENST00000483851 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP49.84■■■■■ 5.57
SHOX2-204ENST00000483851 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa49.17■■■■■ 5.46
SHOX2-204ENST00000483851 DCAF8L2P0C7V8 631 aa48.69■■■■■ 5.39
SHOX2-204ENST00000483851 ABCC9O60706 1549 aa48.61■■■■■ 5.37
SHOX2-204ENST00000483851 MYO15BQ96JP2 1530 aa48.6■■■■■ 5.37
SHOX2-204ENST00000483851 NACADO15069 1562 aa48.17■■■■■ 5.3
SHOX2-204ENST00000483851 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa48.15■■■■■ 5.3
SHOX2-204ENST00000483851 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.7■■■■■ 5.23
SHOX2-204ENST00000483851 SCRIBQ14160 1630 aa47.4■■■■■ 5.18
SHOX2-204ENST00000483851 UNC13AQ9UPW8 1703 aa46.66■■■■■ 5.06
SHOX2-204ENST00000483851 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP46.43■■■■■ 5.02
SHOX2-204ENST00000483851 BICRAQ9NZM4 1560 aa46.19■■■■■ 4.98
SHOX2-204ENST00000483851 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP45.99■■■■■ 4.95
SHOX2-204ENST00000483851 CECR2Q9BXF3 1484 aa45.95■■■■■ 4.95
SHOX2-204ENST00000483851 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP45.82■■■■■ 4.92
SHOX2-204ENST00000483851 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP45.8■■■■■ 4.92
SHOX2-204ENST00000483851 MROH2BQ7Z745 1585 aa45.73■■■■■ 4.91
SHOX2-204ENST00000483851 SMARCA4P51532 1647 aa45.55■■■■■ 4.88
SHOX2-204ENST00000483851 WIZO95785 1651 aa45.35■■■■■ 4.85
SHOX2-204ENST00000483851 PEG3Q9GZU2 1588 aa45.1■■■■■ 4.81
SHOX2-204ENST00000483851 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP44.98■■■■■ 4.79
SHOX2-204ENST00000483851 SMARCA2P51531 1590 aa44.83■■■■■ 4.77
SHOX2-204ENST00000483851 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP44.79■■■■■ 4.76
SHOX2-204ENST00000483851 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa44.77■■■■■ 4.76
SHOX2-204ENST00000483851 CHIC1Q5VXU3 224 aa44.61■■■■■ 4.73
SHOX2-204ENST00000483851 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP44.51■■■■■ 4.72
SHOX2-204ENST00000483851 CCDC88BA6NC98 1476 aa44.46■■■■■ 4.71
SHOX2-204ENST00000483851 NCAPD3P42695 1498 aa44.44■■■■■ 4.7
SHOX2-204ENST00000483851 HMGXB3Q12766 1538 aa44.4■■■■■ 4.7
SHOX2-204ENST00000483851 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.08■■■■■ 4.65
SHOX2-204ENST00000483851 TRIM41Q8WV44 630 aa43.77■■■■■ 4.6
SHOX2-204ENST00000483851 ABCC8Q09428 1581 aa43.47■■■■■ 4.55
SHOX2-204ENST00000483851 CFTRP13569 1480 aa43.45■■■■■ 4.55
SHOX2-204ENST00000483851 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP43.3■■■■■ 4.52
SHOX2-204ENST00000483851 PRDM2Q13029 1718 aa43.28■■■■■ 4.52
SHOX2-204ENST00000483851 CADPSQ9ULU8 1353 aa43.26■■■■■ 4.52
SHOX2-204ENST00000483851 SYNJ1O43426 1573 aa43.06■■■■■ 4.48
SHOX2-204ENST00000483851 TOP2BQ02880 1626 aa42.98■■■■■ 4.47
SHOX2-204ENST00000483851 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa42.95■■■■■ 4.47
SHOX2-204ENST00000483851 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.92■■■■■ 4.46
SHOX2-204ENST00000483851 EEA1Q15075 1411 aa42.87■■■■■ 4.45
SHOX2-204ENST00000483851 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP42.8■■■■■ 4.44
SHOX2-204ENST00000483851 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa42.78■■■■■ 4.44
SHOX2-204ENST00000483851 CUX1P39880 1505 aa42.76■■■■■ 4.44
SHOX2-204ENST00000483851 FANCD2Q9BXW9 1451 aa42.74■■■■■ 4.43
SHOX2-204ENST00000483851 DNAJC5BQ9UF47 199 aa42.72■■■■■ 4.43
SHOX2-204ENST00000483851 NESP48681 1621 aa42.69■■■■■ 4.43
SHOX2-204ENST00000483851 SOGA1O94964 1423 aa42.69■■■■■ 4.42
SHOX2-204ENST00000483851 PDS5BQ9NTI5 1447 aa42.56■■■■■ 4.4
SHOX2-204ENST00000483851 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa42.49■■■■■ 4.39
SHOX2-204ENST00000483851 CSRNP3Q8WYN3 585 aa42.49■■■■■ 4.39
SHOX2-204ENST00000483851 CEP164Q9UPV0 1460 aa42.49■■■■■ 4.39
SHOX2-204ENST00000483851 DNMBPQ6XZF7 1577 aa42.43■■■■■ 4.38
SHOX2-204ENST00000483851 TOPBP1Q92547 1522 aa42.3■■■■■ 4.36
SHOX2-204ENST00000483851 FGD5Q6ZNL6 1462 aa42.29■■■■■ 4.36
SHOX2-204ENST00000483851 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa42.26■■■■■ 4.36
SHOX2-204ENST00000483851 KIF27Q86VH2 1401 aa42.24■■■■■ 4.35
SHOX2-204ENST00000483851 KIF21BO75037 1637 aa42.23■■■■■ 4.35
SHOX2-204ENST00000483851 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP42.18■■■■■ 4.34
SHOX2-204ENST00000483851 GOLGA3Q08378 1498 aa42.17■■■■■ 4.34
SHOX2-204ENST00000483851 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP42.09■■■■■ 4.33
SHOX2-204ENST00000483851 TNIKQ9UKE5 1360 aa42.08■■■■■ 4.33
SHOX2-204ENST00000483851 EHMT2Q96KQ7 1210 aa42.05■■■■■ 4.32
SHOX2-204ENST00000483851 CUX2O14529 1486 aa42.03■■■■■ 4.32
SHOX2-204ENST00000483851 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa42■■■■■ 4.31
SHOX2-204ENST00000483851 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.97■■■■■ 4.31
SHOX2-204ENST00000483851 PRXQ9BXM0 1461 aa41.97■■■■■ 4.31
SHOX2-204ENST00000483851 ERICH3Q5RHP9 1530 aa41.96■■■■■ 4.31
SHOX2-204ENST00000483851 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa41.87■■■■■ 4.29
SHOX2-204ENST00000483851 UBTFP17480 764 aaKnown RBP41.87■■■■■ 4.29
SHOX2-204ENST00000483851 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa41.86■■■■■ 4.29
SHOX2-204ENST00000483851 WDR97A6NE52 1622 aa41.83■■■■■ 4.29
SHOX2-204ENST00000483851 IGF1RP08069 1367 aa41.81■■■■■ 4.28
SHOX2-204ENST00000483851 CEP162Q5TB80 1403 aa41.78■■■■■ 4.28
SHOX2-204ENST00000483851 WDR62O43379 1518 aa41.77■■■■■ 4.28
SHOX2-204ENST00000483851 ERCC6Q03468 1493 aa41.73■■■■■ 4.27
SHOX2-204ENST00000483851 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP41.68■■■■■ 4.26
SHOX2-204ENST00000483851 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa41.63■■■■■ 4.26
SHOX2-204ENST00000483851 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa41.6■■■■■ 4.25
SHOX2-204ENST00000483851 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP41.58■■■■■ 4.25
SHOX2-204ENST00000483851 CUL7Q14999 1698 aa41.57■■■■■ 4.25
SHOX2-204ENST00000483851 GAPVD1Q14C86 1478 aa41.52■■■■■ 4.24
SHOX2-204ENST00000483851 IFT140Q96RY7 1462 aa41.51■■■■■ 4.24
SHOX2-204ENST00000483851 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP41.46■■■■■ 4.23
SHOX2-204ENST00000483851 CLIP1P30622 1438 aa41.46■■■■■ 4.23
SHOX2-204ENST00000483851 PBRM1Q86U86 1689 aa41.27■■■■■ 4.2
SHOX2-204ENST00000483851 GRIN2BQ13224 1484 aa41.21■■■■■ 4.19
SHOX2-204ENST00000483851 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP41.19■■■■■ 4.181e-7■■□□□ 12.9
SHOX2-204ENST00000483851 VPS8Q8N3P4 1428 aa41.14■■■■■ 4.18
SHOX2-204ENST00000483851 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP41.13■■■■■ 4.18
SHOX2-204ENST00000483851 FHAD1B1AJZ9 1412 aa41.11■■■■■ 4.17
SHOX2-204ENST00000483851 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP41.08■■■■■ 4.17
SHOX2-204ENST00000483851 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa41.07■■■■■ 4.17
SHOX2-204ENST00000483851 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP41.07■■■■■ 4.16
SHOX2-204ENST00000483851 ADAMTS12P58397 1594 aa41.07■■■■■ 4.16
SHOX2-204ENST00000483851 ARAP1Q96P48 1450 aa41.02■■■■■ 4.16
SHOX2-204ENST00000483851 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa41.01■■■■■ 4.16
SHOX2-204ENST00000483851 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP40.96■■■■■ 4.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13.4 ms