Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMS1P48059 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMS1P48059 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS1P48059 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS1P48059 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms