Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.75e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.295e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.095e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 PFKL-208ENST00000491298 819 ntTSL 513.24□□□□□ -0.291e-9■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CAMTA2-215ENST00000575580 352 ntTSL 38.33□□□□□ -1.081e-26■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CAMTA2-205ENST00000571831 519 ntTSL 57.51□□□□□ -1.211e-26■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.366e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 GK-210ENST00000481024 2401 ntTSL 212.54□□□□□ -0.46e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 GK-205ENST00000378946 3638 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.516e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 GK-203ENST00000378943 3707 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.536e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 GK-207ENST00000427190 4573 ntTSL 5 BASIC11.18□□□□□ -0.626e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 PRPF3-207ENST00000496202 1082 ntTSL 1 (best)8.75□□□□□ -1.011e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 NADK-214ENST00000497186 683 ntTSL 313.3□□□□□ -0.281e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CXXC1-203ENST00000586144 474 ntTSL 213.4□□□□□ -0.267e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 FAAP100-202ENST00000425898 2996 ntTSL 1 (best) BASIC14.3□□□□□ -0.124e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 AC015813.1-201ENST00000582096 2483 nt7.73□□□□□ -1.172e-15■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 AC015813.1-203ENST00000585065 4722 ntTSL 2 BASIC5.42□□□□□ -1.542e-15■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 AC015813.1-202ENST00000577267 4056 ntTSL 2 BASIC4.19□□□□□ -1.742e-15■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC14.61□□□□□ -0.075e-9■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 ALOX12P2-202ENST00000570890 2209 ntTSL 1 (best)14.43□□□□□ -0.15e-9■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 ALOX12P2-210ENST00000574727 4326 ntTSL 1 (best) BASIC9.01□□□□□ -0.975e-9■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 ALOX12P2-211ENST00000575787 712 ntTSL 36.4□□□□□ -1.385e-9■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.042e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.912e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.542e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.322e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.112e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.032e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-210ENST00000530945 1509 ntTSL 214.83□□□□□ -0.042e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC14.3□□□□□ -0.122e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-209ENST00000530413 647 ntTSL 1 (best)13.89□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-212ENST00000559129 552 ntTSL 413.18□□□□□ -0.32e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC12.54□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-209ENST00000558313 1088 ntTSL 512.07□□□□□ -0.482e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-215ENST00000559561 1442 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.52e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-213ENST00000532134 855 ntTSL 511.84□□□□□ -0.512e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-221ENST00000561163 1643 ntTSL 211.64□□□□□ -0.552e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-219ENST00000560697 552 ntTSL 410.96□□□□□ -0.652e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-206ENST00000424352 2917 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.682e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 CFL1-207ENST00000527752 766 ntTSL 510.69□□□□□ -0.72e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-222ENST00000561208 4822 ntTSL 1 (best) BASIC10.21□□□□□ -0.782e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-202ENST00000338564 4829 ntTSL 1 (best) BASIC10.21□□□□□ -0.782e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-217ENST00000560570 2321 ntTSL 210.13□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-211ENST00000559085 2538 ntTSL 2 BASIC10.12□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 STARD3-224ENST00000583639 452 ntTSL 39.81□□□□□ -0.842e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-218ENST00000560617 605 ntTSL 39.55□□□□□ -0.882e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-205ENST00000397624 2748 ntTSL 5 BASIC9.4□□□□□ -0.92e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-203ENST00000340545 3056 ntTSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.932e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MEIS2-201ENST00000314177 2775 ntTSL 29.11□□□□□ -0.952e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 GPT2-202ENST00000440783 4228 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.514e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 FNDC3B-202ENST00000415807 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.43□□□□□ -0.746e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 FNDC3B-203ENST00000416957 3684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.97□□□□□ -0.976e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 FNDC3B-201ENST00000336824 7904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.79□□□□□ -16e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 HERC1-211ENST00000560983 457 ntTSL 23.34□□□□□ -1.876e-7■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 BSDC1-208ENST00000474414 978 ntTSL 519.74■□□□□ 0.752e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 BSDC1-202ENST00000373520 1630 ntTSL 214.55□□□□□ -0.082e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 BSDC1-210ENST00000527163 567 ntTSL 512.98□□□□□ -0.332e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 BSDC1-211ENST00000527513 576 ntTSL 512.98□□□□□ -0.332e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 BSDC1-212ENST00000530485 482 ntTSL 511.42□□□□□ -0.582e-8■■■■■ 34.1
SF3B4Q15427 MIR3940-201ENST00000579148 102 ntBASIC12.36□□□□□ -0.437e-46■■■■■ 34
SF3B4Q15427 PABPC1-204ENST00000517990 487 ntTSL 55.77□□□□□ -1.493e-16■■■■■ 34
SF3B4Q15427 PABPC1-206ENST00000518293 608 ntTSL 33.74□□□□□ -1.813e-16■■■■■ 34
SF3B4Q15427 KDM5C-214ENST00000497100 1403 ntTSL 516.24■□□□□ 0.192e-14■■■■■ 34
SF3B4Q15427 EEF1A1-207ENST00000490569 1802 ntTSL 58.65□□□□□ -1.026e-24■■■■■ 34
SF3B4Q15427 METTL22-205ENST00000562151 520 ntTSL 512.28□□□□□ -0.447e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 METTL22-218ENST00000572956 706 ntTSL 311.25□□□□□ -0.617e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 METTL22-214ENST00000565866 561 ntTSL 311.25□□□□□ -0.617e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 METTL22-208ENST00000563501 519 ntTSL 59.91□□□□□ -0.827e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 METTL22-204ENST00000561993 656 ntTSL 26.72□□□□□ -1.337e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 TRMT2A-213ENST00000480339 762 ntTSL 211.1□□□□□ -0.635e-19■■■■■ 34
SF3B4Q15427 CLCN7-212ENST00000567789 577 ntTSL 217.54■□□□□ 0.44e-15■■■■■ 34
SF3B4Q15427 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.844e-13■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.274e-13■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SIL1-215ENST00000515008 843 ntTSL 316.16■□□□□ 0.184e-13■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.024e-13■■■■■ 34
SF3B4Q15427 WDR1-215ENST00000510848 554 ntTSL 415.06■□□□□ 05e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -04e-13■■■■■ 34
SF3B4Q15427 WDR1-207ENST00000504739 555 ntTSL 314.12□□□□□ -0.155e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 WDR1-210ENST00000506246 572 ntTSL 514.12□□□□□ -0.155e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SIL1-204ENST00000503732 690 ntTSL 313.41□□□□□ -0.264e-13■■■■■ 34
SF3B4Q15427 WDR1-212ENST00000508949 552 ntTSL 413.36□□□□□ -0.275e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 WDR1-214ENST00000509695 467 ntTSL 413.1□□□□□ -0.315e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 WDR1-208ENST00000505543 687 ntTSL 412.18□□□□□ -0.465e-7■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SRSF7-209ENST00000446327 2453 ntTSL 2 BASIC10.9□□□□□ -0.664e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SRSF7-201ENST00000313117 2489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.5□□□□□ -0.734e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SIL1-208ENST00000505945 250 ntTSL 1 (best)10.38□□□□□ -0.754e-13■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SRSF7-206ENST00000431066 1847 ntTSL 59.62□□□□□ -0.874e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SRSF7-208ENST00000443213 1903 ntTSL 59.43□□□□□ -0.94e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SRSF7-204ENST00000425778 2857 ntTSL 29.21□□□□□ -0.944e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SRSF7-205ENST00000425941 1944 ntTSL 58.75□□□□□ -1.014e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 ARG2-203ENST00000557120 836 ntTSL 28.29□□□□□ -1.084e-13■■■■■ 34
SF3B4Q15427 SRSF7-202ENST00000409276 1050 ntTSL 5 BASIC6.77□□□□□ -1.334e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 ARG2-202ENST00000556491 457 ntTSL 55.51□□□□□ -1.534e-13■■■■■ 34
SF3B4Q15427 GSE1-206ENST00000438180 1741 ntTSL 1 (best)14.67□□□□□ -0.061e-11■■■■■ 34
SF3B4Q15427 RPS6KA4-208ENST00000532885 902 ntTSL 315.12■□□□□ 0.011e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 RPS6KA4-207ENST00000532496 588 ntTSL 512.54□□□□□ -0.41e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 PRPF4B-209ENST00000494674 1727 ntTSL 59.16□□□□□ -0.946e-9■■■■■ 34
SF3B4Q15427 PRPF4B-202ENST00000461612 629 ntTSL 24.33□□□□□ -1.726e-10■■■■■ 34
SF3B4Q15427 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.13e-7■■■■■ 34
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 1283.9 ms