Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 COX5A-201ENST00000322347 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
COL4A4P53420 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL4A4P53420 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20 ms