RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000419205.5

FAM3A-208, Transcript of family with sequence similarity 3 member A, human

TSL 2 BASIC

Gene FAM3A, Length 1,763 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
FAM3A-208	ENST00000419205	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		45.13	■■■■■ 4.82
FAM3A-208	ENST00000419205	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		39	■■■■□ 3.83
FAM3A-208	ENST00000419205	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	38.09	■■■■□ 3.69
FAM3A-208	ENST00000419205	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		37.37	■■■■□ 3.57
FAM3A-208	ENST00000419205	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		37.32	■■■■□ 3.56
FAM3A-208	ENST00000419205	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		36.94	■■■■□ 3.5
FAM3A-208	ENST00000419205	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		36.57	■■■■□ 3.44
FAM3A-208	ENST00000419205	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	36.32	■■■■□ 3.41
FAM3A-208	ENST00000419205	ABCC9	O60706	1549 aa		36.14	■■■■□ 3.38
FAM3A-208	ENST00000419205	NACAD	O15069	1562 aa		36.1	■■■■□ 3.37
FAM3A-208	ENST00000419205	SCRIB	Q14160	1630 aa		35.99	■■■■□ 3.35
FAM3A-208	ENST00000419205	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		35.6	■■■■□ 3.29
FAM3A-208	ENST00000419205	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	35.32	■■■■□ 3.24
FAM3A-208	ENST00000419205	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		35.22	■■■■□ 3.23
FAM3A-208	ENST00000419205	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		35.02	■■■■□ 3.2
FAM3A-208	ENST00000419205	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		35.01	■■■■□ 3.2
FAM3A-208	ENST00000419205	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		34.91	■■■■□ 3.18
FAM3A-208	ENST00000419205	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	34.78	■■■■□ 3.16
FAM3A-208	ENST00000419205	WIZ	O95785	1651 aa		34.7	■■■■□ 3.15
FAM3A-208	ENST00000419205	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		34.57	■■■■□ 3.12
FAM3A-208	ENST00000419205	SMARCA4	P51532	1647 aa		34.55	■■■■□ 3.12
FAM3A-208	ENST00000419205	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	34.33	■■■■□ 3.09
FAM3A-208	ENST00000419205	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	34.22	■■■■□ 3.07
FAM3A-208	ENST00000419205	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	34.14	■■■■□ 3.06
FAM3A-208	ENST00000419205	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		34.09	■■■■□ 3.05
FAM3A-208	ENST00000419205	TRIM41	Q8WV44	630 aa		34.08	■■■■□ 3.05
FAM3A-208	ENST00000419205	SMARCA2	P51531	1590 aa		34.05	■■■■□ 3.04
FAM3A-208	ENST00000419205	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		33.99	■■■■□ 3.03
FAM3A-208	ENST00000419205	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		33.9	■■■■□ 3.02
FAM3A-208	ENST00000419205	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		33.75	■■■□□ 2.99
FAM3A-208	ENST00000419205	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	33.6	■■■□□ 2.97
FAM3A-208	ENST00000419205	ABCC8	Q09428	1581 aa		33.55	■■■□□ 2.96
FAM3A-208	ENST00000419205	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	33.49	■■■□□ 2.95
FAM3A-208	ENST00000419205	HMGXB3	Q12766	1538 aa		33.35	■■■□□ 2.93
FAM3A-208	ENST00000419205	NCAPD3	P42695	1498 aa		33.31	■■■□□ 2.92
FAM3A-208	ENST00000419205	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	33.21	■■■□□ 2.91
FAM3A-208	ENST00000419205	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		33.19	■■■□□ 2.9
FAM3A-208	ENST00000419205	EEA1	Q15075	1411 aa		33.16	■■■□□ 2.9
FAM3A-208	ENST00000419205	SYNJ1	O43426	1573 aa		33.08	■■■□□ 2.89
FAM3A-208	ENST00000419205	SOGA1	O94964	1423 aa		33.07	■■■□□ 2.88
FAM3A-208	ENST00000419205	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	32.99	■■■□□ 2.87
FAM3A-208	ENST00000419205	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		32.99	■■■□□ 2.87
FAM3A-208	ENST00000419205	HRC	P23327	699 aa		32.92	■■■□□ 2.86
FAM3A-208	ENST00000419205	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		32.91	■■■□□ 2.86
FAM3A-208	ENST00000419205	TOP2B	Q02880	1626 aa		32.88	■■■□□ 2.85
FAM3A-208	ENST00000419205	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		32.87	■■■□□ 2.85
FAM3A-208	ENST00000419205	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		32.85	■■■□□ 2.85
FAM3A-208	ENST00000419205	CFTR	P13569	1480 aa		32.81	■■■□□ 2.84
FAM3A-208	ENST00000419205	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		32.79	■■■□□ 2.84
FAM3A-208	ENST00000419205	PRDM2	Q13029	1718 aa		32.76	■■■□□ 2.84
FAM3A-208	ENST00000419205	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		32.75	■■■□□ 2.83
FAM3A-208	ENST00000419205	GOLGA3	Q08378	1498 aa		32.74	■■■□□ 2.83
FAM3A-208	ENST00000419205	KIF21B	O75037	1637 aa		32.72	■■■□□ 2.83
FAM3A-208	ENST00000419205	CEP162	Q5TB80	1403 aa		32.68	■■■□□ 2.82
FAM3A-208	ENST00000419205	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		32.66	■■■□□ 2.82
FAM3A-208	ENST00000419205	CUX1	P39880	1505 aa		32.6	■■■□□ 2.81
FAM3A-208	ENST00000419205	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	32.51	■■■□□ 2.79
FAM3A-208	ENST00000419205	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		32.5	■■■□□ 2.79
FAM3A-208	ENST00000419205	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		32.36	■■■□□ 2.77
FAM3A-208	ENST00000419205	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		32.34	■■■□□ 2.77
FAM3A-208	ENST00000419205	PRX	Q9BXM0	1461 aa		32.29	■■■□□ 2.76
FAM3A-208	ENST00000419205	KIF27	Q86VH2	1401 aa		32.29	■■■□□ 2.76
FAM3A-208	ENST00000419205	CLIP1	P30622	1438 aa		32.24	■■■□□ 2.75
FAM3A-208	ENST00000419205	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	32.22	■■■□□ 2.75
FAM3A-208	ENST00000419205	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		32.21	■■■□□ 2.75
FAM3A-208	ENST00000419205	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		32.17	■■■□□ 2.74
FAM3A-208	ENST00000419205	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		32.1	■■■□□ 2.73
FAM3A-208	ENST00000419205	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	32.09	■■■□□ 2.73
FAM3A-208	ENST00000419205	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		32.08	■■■□□ 2.73
FAM3A-208	ENST00000419205	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		32.07	■■■□□ 2.72
FAM3A-208	ENST00000419205	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		32.05	■■■□□ 2.72
FAM3A-208	ENST00000419205	CUX2	O14529	1486 aa		32.03	■■■□□ 2.72
FAM3A-208	ENST00000419205	NES	P48681	1621 aa		32	■■■□□ 2.71
FAM3A-208	ENST00000419205	TOPBP1	Q92547	1522 aa		31.93	■■■□□ 2.7
FAM3A-208	ENST00000419205	IGF1R	P08069	1367 aa		31.92	■■■□□ 2.7
FAM3A-208	ENST00000419205	ARAP1	Q96P48	1450 aa		31.85	■■■□□ 2.69
FAM3A-208	ENST00000419205	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		31.84	■■■□□ 2.69
FAM3A-208	ENST00000419205	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	31.83	■■■□□ 2.69
FAM3A-208	ENST00000419205	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	31.8	■■■□□ 2.68
FAM3A-208	ENST00000419205	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		31.77	■■■□□ 2.68
FAM3A-208	ENST00000419205	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		31.76	■■■□□ 2.67
FAM3A-208	ENST00000419205	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	31.75	■■■□□ 2.67
FAM3A-208	ENST00000419205	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	31.73	■■■□□ 2.67
FAM3A-208	ENST00000419205	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		31.73	■■■□□ 2.67
FAM3A-208	ENST00000419205	WDR97	A6NE52	1622 aa		31.71	■■■□□ 2.67
FAM3A-208	ENST00000419205	APLP2	Q06481	763 aa		31.71	■■■□□ 2.67
FAM3A-208	ENST00000419205	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		31.69	■■■□□ 2.66
FAM3A-208	ENST00000419205	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		31.65	■■■□□ 2.66
FAM3A-208	ENST00000419205	CUL7	Q14999	1698 aa		31.65	■■■□□ 2.66
FAM3A-208	ENST00000419205	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	31.57	■■■□□ 2.64
FAM3A-208	ENST00000419205	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		31.54	■■■□□ 2.64
FAM3A-208	ENST00000419205	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	31.53	■■■□□ 2.64
FAM3A-208	ENST00000419205	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		31.44	■■■□□ 2.62
FAM3A-208	ENST00000419205	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	31.41	■■■□□ 2.62
FAM3A-208	ENST00000419205	MAP3K1	Q13233	1512 aa		31.4	■■■□□ 2.62
FAM3A-208	ENST00000419205	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		31.39	■■■□□ 2.62
FAM3A-208	ENST00000419205	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		31.37	■■■□□ 2.61
FAM3A-208	ENST00000419205	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	31.35	■■■□□ 2.61
FAM3A-208	ENST00000419205	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		31.33	■■■□□ 2.61
FAM3A-208	ENST00000419205	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	31.33	■■■□□ 2.61

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 7.9 ms