Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMS1P48059 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMS1P48059 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
LIMS1P48059 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMS1P48059 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMS1P48059 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms