Protein–RNA interactions for Protein: P37840

SNCA, Alpha-synuclein, humanhuman

Predictions only

Length 140 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNCAP37840 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SNCAP37840 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SNCAP37840 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SNCAP37840 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SNCAP37840 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SNCAP37840 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SNCAP37840 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SNCAP37840 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SNCAP37840 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SNCAP37840 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SNCAP37840 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SNCAP37840 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SNCAP37840 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SNCAP37840 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SNCAP37840 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SNCAP37840 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SNCAP37840 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
SNCAP37840 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SNCAP37840 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SNCAP37840 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SNCAP37840 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SNCAP37840 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SNCAP37840 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SNCAP37840 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SNCAP37840 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC21.33■■□□□ 1
SNCAP37840 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SNCAP37840 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SNCAP37840 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SNCAP37840 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SNCAP37840 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SNCAP37840 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SNCAP37840 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SNCAP37840 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SNCAP37840 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SNCAP37840 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SNCAP37840 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SNCAP37840 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SNCAP37840 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SNCAP37840 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SNCAP37840 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SNCAP37840 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SNCAP37840 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SNCAP37840 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SNCAP37840 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SNCAP37840 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SNCAP37840 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SNCAP37840 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SNCAP37840 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SNCAP37840 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SNCAP37840 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SNCAP37840 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SNCAP37840 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SNCAP37840 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SNCAP37840 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SNCAP37840 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SNCAP37840 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SNCAP37840 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SNCAP37840 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SNCAP37840 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SNCAP37840 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SNCAP37840 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SNCAP37840 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SNCAP37840 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SNCAP37840 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SNCAP37840 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SNCAP37840 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SNCAP37840 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SNCAP37840 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SNCAP37840 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SNCAP37840 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SNCAP37840 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SNCAP37840 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SNCAP37840 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SNCAP37840 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SNCAP37840 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SNCAP37840 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SNCAP37840 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SNCAP37840 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SNCAP37840 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SNCAP37840 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SNCAP37840 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SNCAP37840 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SNCAP37840 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SNCAP37840 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SNCAP37840 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SNCAP37840 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SNCAP37840 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SNCAP37840 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.98
SNCAP37840 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SNCAP37840 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SNCAP37840 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SNCAP37840 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SNCAP37840 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SNCAP37840 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SNCAP37840 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SNCAP37840 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SNCAP37840 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SNCAP37840 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SNCAP37840 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SNCAP37840 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms