Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
MSH3P20585 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH3P20585 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH3P20585 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH3P20585 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH3P20585 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH3P20585 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
MSH3P20585 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
MSH3P20585 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
MSH3P20585 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
MSH3P20585 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
MSH3P20585 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
MSH3P20585 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
MSH3P20585 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
MSH3P20585 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
MSH3P20585 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
MSH3P20585 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
MSH3P20585 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
MSH3P20585 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
MSH3P20585 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
MSH3P20585 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
MSH3P20585 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
MSH3P20585 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
MSH3P20585 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
MSH3P20585 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
MSH3P20585 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
MSH3P20585 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26■■□□□ 1.75
MSH3P20585 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
MSH3P20585 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26■■□□□ 1.75
MSH3P20585 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH3P20585 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH3P20585 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH3P20585 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH3P20585 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH3P20585 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH3P20585 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
MSH3P20585 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH3P20585 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH3P20585 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH3P20585 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH3P20585 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
MSH3P20585 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
MSH3P20585 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH3P20585 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH3P20585 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH3P20585 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
MSH3P20585 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
MSH3P20585 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
MSH3P20585 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
MSH3P20585 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
MSH3P20585 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
MSH3P20585 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH3P20585 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH3P20585 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH3P20585 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH3P20585 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
MSH3P20585 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH3P20585 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH3P20585 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH3P20585 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH3P20585 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
MSH3P20585 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
MSH3P20585 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
MSH3P20585 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
MSH3P20585 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
MSH3P20585 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
MSH3P20585 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
MSH3P20585 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
MSH3P20585 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
MSH3P20585 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH3P20585 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH3P20585 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH3P20585 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH3P20585 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH3P20585 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH3P20585 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH3P20585 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
MSH3P20585 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH3P20585 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH3P20585 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH3P20585 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH3P20585 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH3P20585 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
MSH3P20585 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
MSH3P20585 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
MSH3P20585 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
MSH3P20585 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSH3P20585 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSH3P20585 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSH3P20585 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
MSH3P20585 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
MSH3P20585 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
MSH3P20585 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
MSH3P20585 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSH3P20585 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSH3P20585 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSH3P20585 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSH3P20585 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
MSH3P20585 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
MSH3P20585 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms