Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 RABGGTB-208ENST00000471759 2137 ntTSL 26.88□□□□□ -1.315e-13■■■■■ 31.1
SF3A3Q12874 RABGGTB-209ENST00000473406 721 ntTSL 56.7□□□□□ -1.345e-13■■■■■ 31.1
SF3A3Q12874 RABGGTB-212ENST00000491266 961 ntTSL 35.93□□□□□ -1.465e-13■■■■■ 31.1
SF3A3Q12874 RABGGTB-207ENST00000470201 848 ntTSL 35.27□□□□□ -1.575e-13■■■■■ 31.1
SF3A3Q12874 RABGGTB-204ENST00000461653 1702 ntTSL 54.89□□□□□ -1.635e-13■■■■■ 31.1
SF3A3Q12874 RABGGTB-210ENST00000485459 788 ntTSL 54.68□□□□□ -1.665e-13■■■■■ 31.1
SF3A3Q12874 RABGGTB-213ENST00000496055 3863 ntTSL 24.42□□□□□ -1.75e-13■■■■■ 31.1
SF3A3Q12874 RABGGTB-211ENST00000489450 586 ntTSL 53.73□□□□□ -1.815e-13■■■■■ 31.1
SF3A3Q12874 DDX46-212ENST00000628477 1584 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.212e-7■■■■■ 31.1
SF3A3Q12874 WDR46-231ENST00000374617 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.315e-7■■■■■ 31
SF3A3Q12874 SYMPK-208ENST00000598059 611 ntTSL 419.54■□□□□ 0.729e-9■■■■■ 31
SF3A3Q12874 SYMPK-204ENST00000593959 546 ntTSL 415.06■□□□□ 09e-9■■■■■ 31
SF3A3Q12874 SYMPK-205ENST00000594293 623 ntTSL 414.65□□□□□ -0.069e-9■■■■■ 31
SF3A3Q12874 SYMPK-218ENST00000602061 503 ntTSL 410.46□□□□□ -0.739e-9■■■■■ 31
SF3A3Q12874 SYMPK-217ENST00000601600 560 ntTSL 49.47□□□□□ -0.899e-9■■■■■ 31
SF3A3Q12874 NSUN6-206ENST00000493816 315 ntTSL 37.99□□□□□ -1.139e-9■■■■■ 31
SF3A3Q12874 NSUN6-201ENST00000377304 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.6□□□□□ -1.199e-9■■■■■ 31
SF3A3Q12874 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.414e-8■■■■■ 31
SF3A3Q12874 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.44e-8■■■■■ 31
SF3A3Q12874 GAMT-204ENST00000640164 520 ntTSL 214.15□□□□□ -0.144e-8■■■■■ 31
SF3A3Q12874 PRC1-204ENST00000442656 2060 ntTSL 2 BASIC14.5□□□□□ -0.091e-7■■■■■ 31
SF3A3Q12874 PRC1-212ENST00000557763 933 ntTSL 513.56□□□□□ -0.241e-7■■■■■ 31
SF3A3Q12874 PRC1-205ENST00000553494 717 ntTSL 313.46□□□□□ -0.251e-7■■■■■ 31
SF3A3Q12874 PRC1-203ENST00000417173 1215 ntTSL 212.76□□□□□ -0.371e-7■■■■■ 31
SF3A3Q12874 PRC1-201ENST00000361188 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.42□□□□□ -0.421e-7■■■■■ 31
SF3A3Q12874 PRC1-202ENST00000394249 3034 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.551e-7■■■■■ 31
SF3A3Q12874 PRC1-211ENST00000556982 583 ntTSL 28.48□□□□□ -1.051e-7■■■■■ 31
SF3A3Q12874 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC11.68□□□□□ -0.547e-14■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 URB1-201ENST00000382751 10832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.4□□□□□ -0.92e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-229ENST00000514234 2562 ntTSL 221.8■■□□□ 1.088e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-222ENST00000507229 2582 ntTSL 221.23■□□□□ 0.998e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.938e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.928e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-213ENST00000487053 3252 ntTSL 520.66■□□□□ 0.98e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.678e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.638e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.628e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-220ENST00000506488 2997 ntTSL 518.95■□□□□ 0.628e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.628e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.518e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-214ENST00000489635 3034 ntTSL 217.53■□□□□ 0.48e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-210ENST00000479659 4247 ntTSL 217.46■□□□□ 0.398e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 MIB2-226ENST00000511502 3326 ntTSL 217.41■□□□□ 0.388e-8■■■■■ 30.9
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SF3A3Q12874 ATG16L1-218ENST00000498620 740 ntTSL 57.21□□□□□ -1.268e-13■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 AC135050.2-202ENST00000532364 499 ntTSL 418.41■□□□□ 0.541e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.061e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 ULK1-207ENST00000544718 1678 ntTSL 225.21■■□□□ 1.635e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 NAPRT-201ENST00000340490 1774 ntTSL 1 (best)24.69■■□□□ 1.545e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.355e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-207ENST00000405478 799 ntTSL 523.51■■□□□ 1.355e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.335e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.955e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-209ENST00000418189 580 ntTSL 520.84■□□□□ 0.935e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 ULK1-203ENST00000540568 2145 ntTSL 219.69■□□□□ 0.745e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.75e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.695e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 C19orf54-205ENST00000596809 1104 ntTSL 518.8■□□□□ 0.65e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.595e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.595e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.495e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 ULK1-204ENST00000540647 1211 ntTSL 217.52■□□□□ 0.45e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 GAS8-208ENST00000564789 810 ntTSL 217.19■□□□□ 0.342e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.325e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 NAPRT-207ENST00000464332 1212 ntTSL 217.07■□□□□ 0.325e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.264e-6■■■■■ 30.9
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SF3A3Q12874 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.195e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 C19orf54-202ENST00000469741 1792 ntTSL 216.13■□□□□ 0.175e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.175e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-217ENST00000475818 1271 ntTSL 315.97■□□□□ 0.155e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.148e-7■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-216ENST00000458642 574 ntTSL 515.52■□□□□ 0.085e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-208ENST00000416248 580 ntTSL 415.52■□□□□ 0.085e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-215ENST00000455904 731 ntTSL 215.09■□□□□ 0.015e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 TRMT2A-218ENST00000492988 854 ntTSL 514.68□□□□□ -0.065e-7■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 TRAF7-202ENST00000564067 874 ntTSL 313.89□□□□□ -0.194e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 HDAC11-210ENST00000425430 1021 ntTSL 213.55□□□□□ -0.245e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 AFG3L1P-201ENST00000355531 1329 ntTSL 1 (best)13.36□□□□□ -0.275e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 PFKFB4-209ENST00000467176 643 ntTSL 313.33□□□□□ -0.289e-8■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 C19orf54-207ENST00000597507 947 ntTSL 213.02□□□□□ -0.335e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 RHBDF2-201ENST00000313080 3582 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.362e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 RHBDF2-215ENST00000591885 3599 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.48□□□□□ -0.412e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 AFG3L1P-208ENST00000427658 2758 ntTSL 211.56□□□□□ -0.565e-6■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 RNU6-25P-201ENST00000383873 107 ntBASIC3.14□□□□□ -1.915e-16■■■■■ 30.9
SF3A3Q12874 GSAP-209ENST00000449779 2975 ntTSL 27.86□□□□□ -1.151e-6■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 GSAP-207ENST00000440473 866 ntTSL 56.66□□□□□ -1.341e-6■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 MKNK2-210ENST00000589534 454 ntTSL 224.1■■□□□ 1.454e-8■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 TIMM44-210ENST00000599939 2227 nt21.38■■□□□ 1.011e-8■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 TIMM44-208ENST00000598968 797 ntTSL 320.45■□□□□ 0.861e-8■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 TIMM44-209ENST00000599650 921 ntTSL 213.3□□□□□ -0.281e-8■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 TIMM44-202ENST00000595565 868 ntTSL 312.08□□□□□ -0.481e-8■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 ROCK2-203ENST00000401753 4017 ntTSL 1 (best) BASIC2.91□□□□□ -1.946e-8■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 LAMA5-213ENST00000497053 723 ntTSL 314.55□□□□□ -0.081e-6■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 PRKCSH-201ENST00000585325 598 ntTSL 411.54□□□□□ -0.568e-7■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 PLXNB1-205ENST00000461261 851 ntTSL 510.64□□□□□ -0.712e-24■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.143e-6■■■■■ 30.8
SF3A3Q12874 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.73e-6■■■■■ 30.8
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