Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SDC4P31431 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SDC4P31431 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SDC4P31431 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SDC4P31431 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SDC4P31431 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SDC4P31431 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SDC4P31431 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SDC4P31431 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SDC4P31431 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SDC4P31431 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
SDC4P31431 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SDC4P31431 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SDC4P31431 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SDC4P31431 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
SDC4P31431 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SDC4P31431 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SDC4P31431 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SDC4P31431 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SDC4P31431 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
SDC4P31431 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SDC4P31431 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SDC4P31431 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SDC4P31431 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SDC4P31431 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SDC4P31431 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SDC4P31431 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SDC4P31431 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SDC4P31431 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SDC4P31431 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
SDC4P31431 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SDC4P31431 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SDC4P31431 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SDC4P31431 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SDC4P31431 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
SDC4P31431 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.04
SDC4P31431 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SDC4P31431 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SDC4P31431 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SDC4P31431 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
SDC4P31431 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
SDC4P31431 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SDC4P31431 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SDC4P31431 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SDC4P31431 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SDC4P31431 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
SDC4P31431 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SDC4P31431 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SDC4P31431 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SDC4P31431 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SDC4P31431 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SDC4P31431 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SDC4P31431 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SDC4P31431 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
SDC4P31431 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SDC4P31431 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SDC4P31431 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SDC4P31431 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SDC4P31431 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SDC4P31431 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SDC4P31431 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SDC4P31431 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SDC4P31431 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SDC4P31431 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SDC4P31431 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SDC4P31431 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SDC4P31431 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SDC4P31431 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SDC4P31431 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SDC4P31431 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SDC4P31431 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SDC4P31431 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SDC4P31431 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SDC4P31431 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SDC4P31431 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SDC4P31431 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SDC4P31431 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SDC4P31431 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SDC4P31431 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SDC4P31431 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SDC4P31431 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SDC4P31431 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SDC4P31431 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SDC4P31431 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
SDC4P31431 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SDC4P31431 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
SDC4P31431 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SDC4P31431 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SDC4P31431 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SDC4P31431 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SDC4P31431 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SDC4P31431 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SDC4P31431 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SDC4P31431 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SDC4P31431 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
SDC4P31431 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SDC4P31431 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SDC4P31431 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SDC4P31431 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SDC4P31431 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.6 ms