Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 BCKDHA-202ENST00000457836 1745 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.592e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.482e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.382e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 BCKDHA-207ENST00000544905 562 ntTSL 215.28■□□□□ 0.042e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 AFMID-203ENST00000585419 493 ntTSL 314.15□□□□□ -0.141e-15■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 RALBP1-202ENST00000383432 4224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.41□□□□□ -0.582e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 RALBP1-201ENST00000019317 4368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.72□□□□□ -0.692e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC38.1■■■■□ 3.694e-11■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27■■□□□ 1.914e-11■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 NOL6-203ENST00000379470 2190 ntTSL 214.32□□□□□ -0.126e-7■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 NOL6-201ENST00000297990 4741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best)12.5□□□□□ -0.416e-7■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 NOL6-202ENST00000353159 3411 ntTSL 1 (best)11.02□□□□□ -0.656e-7■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 NOL6-204ENST00000379471 3843 ntTSL 5 BASIC10.17□□□□□ -0.786e-7■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.739e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.639e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.549e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.069e-8■■■■■ 27.8
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UPF1Q92900 KXD1-217ENST00000602094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.39e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 SHC1-209ENST00000444664 1305 ntTSL 523.08■■□□□ 1.291e-6■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 MGAT5-201ENST00000281923 8144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.71□□□□□ -1.012e-11■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 MGAT5-202ENST00000409645 8252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.43□□□□□ -1.062e-11■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 VTI1A-209ENST00000496445 853 ntTSL 220.73■□□□□ 0.918e-7■■■■■ 27.8
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UPF1Q92900 VTI1A-202ENST00000432306 1738 ntTSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.758e-7■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 VTI1A-201ENST00000393077 4131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.47□□□□□ -1.218e-7■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 TNXB-202ENST00000442721 372 ntTSL 1 (best)18.19■□□□□ 0.51e-8■■■■■ 27.8
UPF1Q92900 BCKDK-208ENST00000567530 1796 ntTSL 525.73■■□□□ 1.713e-8■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.523e-8■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.433e-8■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.323e-8■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 BCKDK-210ENST00000567682 439 ntTSL 319.37■□□□□ 0.693e-8■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 BCKDK-207ENST00000566568 2558 ntTSL 516.81■□□□□ 0.283e-8■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 BCKDK-204ENST00000394951 2164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.85□□□□□ -0.193e-8■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-216ENST00000533826 1037 ntTSL 331.07■■■□□ 2.565e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.935e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.865e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.565e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-214ENST00000531217 1745 ntTSL 524.59■■□□□ 1.535e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.515e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.495e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.155e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.125e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.795e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 ST3GAL4-206ENST00000524834 788 ntTSL 211.68□□□□□ -0.545e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 NOC2L-204ENST00000483767 1611 ntTSL 223.26■■□□□ 1.313e-9■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 NOC2L-201ENST00000327044 2790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.073e-9■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 NOC2L-203ENST00000477976 4201 ntTSL 511.84□□□□□ -0.513e-9■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 CADM1-218ENST00000545380 2373 ntTSL 1 (best)18.89■□□□□ 0.611e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 EIF5-219ENST00000561380 926 ntTSL 512.32□□□□□ -0.441e-9■■■■■ 27.7
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UPF1Q92900 DMAC2-204ENST00000438807 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.885e-8■■■■■ 27.7
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UPF1Q92900 MRC2-205ENST00000583597 3238 ntTSL 1 (best)15.59■□□□□ 0.093e-7■■■■■ 27.7
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UPF1Q92900 NAT10-201ENST00000257829 4002 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.88□□□□□ -1.152e-9■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.111e-7■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.292e-12■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 CDC42-202ENST00000344548 2256 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.122e-12■■■■■ 27.7
UPF1Q92900 SPOP-221ENST00000572686 2135 nt10.87□□□□□ -0.671e-8■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 PPHLN1-202ENST00000317560 1359 ntTSL 2 BASIC12.16□□□□□ -0.469e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 PPHLN1-207ENST00000432191 3377 ntTSL 1 (best) BASIC10.35□□□□□ -0.759e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 PPHLN1-226ENST00000624028 5975 nt7.42□□□□□ -1.229e-7■■■■■ 27.6
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UPF1Q92900 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.291e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 INO80E-211ENST00000567987 1926 ntTSL 1 (best)22.65■■□□□ 1.221e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.011e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 PNPO-216ENST00000641856 2619 nt17.69■□□□□ 0.422e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 INO80E-203ENST00000540562 3064 ntTSL 213.89□□□□□ -0.191e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 PNPO-210ENST00000641305 3315 nt13.06□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 INO80E-213ENST00000569957 4469 ntTSL 213.04□□□□□ -0.321e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.262e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.647e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.62■■■□□ 2.331e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 STAMBP-204ENST00000409707 1649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 STAMBP-203ENST00000394073 6386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.35□□□□□ -0.913e-6■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 STAMBP-210ENST00000487811 695 ntTSL 38.65□□□□□ -1.023e-6■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 STAMBP-202ENST00000394070 6691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.64□□□□□ -1.033e-6■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 STAMBP-201ENST00000339566 6277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.78□□□□□ -1.163e-6■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 RNF216-205ENST00000425013 5639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.324e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.237e-8■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.467e-8■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.841e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 ACSF3-207ENST00000537155 848 ntTSL 221.13■□□□□ 0.971e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.95e-9■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.611e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 ACSF3-213ENST00000542688 2024 ntTSL 516.62■□□□□ 0.251e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 ACSF3-218ENST00000614302 3751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.371e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 ACSF3-206ENST00000537116 2496 ntTSL 212.69□□□□□ -0.381e-7■■■■■ 27.6
UPF1Q92900 ACSF3-201ENST00000317447 3664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.63□□□□□ -0.391e-7■■■■■ 27.6
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