Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 PDCD10-212ENST00000483451 1119 ntTSL 522.04■■□□□ 1.123e-6■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 PDCD10-211ENST00000481136 674 ntTSL 212.39□□□□□ -0.433e-6■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 PDCD10-217ENST00000494502 757 ntTSL 59.84□□□□□ -0.833e-6■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 MACC1-205ENST00000589011 2686 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.84□□□□□ -1.793e-6■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 PDCD10-205ENST00000464360 585 ntTSL 32.17□□□□□ -2.063e-6■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 ARFGAP1-207ENST00000518618 1244 ntTSL 219.6■□□□□ 0.733e-7■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 ARFGAP1-205ENST00000468975 2640 ntTSL 217.67■□□□□ 0.423e-7■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 ATP1A1-203ENST00000369496 3572 ntTSL 2 BASIC7.16□□□□□ -1.262e-6■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 RICTOR-206ENST00000510711 3126 ntTSL 29.95□□□□□ -0.822e-6■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 AC005307.1-201ENST00000567877 1570 ntTSL 3 BASIC10.16□□□□□ -0.782e-8■■■■■ 33.7
SF3B1O75533 U2SURP-212ENST00000488587 866 ntTSL 31.96□□□□□ -2.13e-6■■■■■ 33.6
SF3B1O75533 PFKL-211ENST00000498841 3122 ntTSL 1 (best)16.82■□□□□ 0.284e-7■■■■■ 33.6
SF3B1O75533 PIEZO1-212ENST00000497793 1228 ntTSL 220.76■□□□□ 0.912e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 PIEZO1-211ENST00000495568 901 ntTSL 211.64□□□□□ -0.552e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 PIEZO1-204ENST00000466823 584 ntTSL 29.02□□□□□ -0.972e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 SLC25A36-206ENST00000502756 796 ntTSL 226.72■■□□□ 1.874e-7■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 ALDH1A2-208ENST00000558239 664 ntTSL 412.96□□□□□ -0.332e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 ALDH1A2-205ENST00000557967 577 ntTSL 410.7□□□□□ -0.72e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 ALDH1A2-212ENST00000558595 484 ntTSL 310.7□□□□□ -0.72e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 ALDH1A2-206ENST00000558073 581 ntTSL 49.32□□□□□ -0.922e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 ALDH1A2-220ENST00000560122 562 ntTSL 59.29□□□□□ -0.922e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 ALDH1A2-216ENST00000559297 542 ntTSL 47.2□□□□□ -1.262e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.226e-8■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 HIST1H2BJ-203ENST00000607124 950 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.78□□□□□ -0.521e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 HIST1H2BJ-202ENST00000606923 408 ntTSL 37.76□□□□□ -1.171e-6■■■■■ 33.5
SF3B1O75533 RBM33-210ENST00000486747 559 ntTSL 318.71■□□□□ 0.592e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 C16orf52-201ENST00000331057 1359 ntTSL 1 (best)30.91■■■□□ 2.547e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.897e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.887e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ULK1-207ENST00000544718 1678 ntTSL 226.56■■□□□ 1.847e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PPP1CB-208ENST00000455580 721 ntTSL 326.35■■□□□ 1.817e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PIK3CB-202ENST00000461451 667 ntTSL 226.3■■□□□ 1.87e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACACA-239ENST00000617548 1063 ntTSL 1 (best)25.24■■□□□ 1.637e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC24.98■■□□□ 1.597e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PIK3CB-210ENST00000483968 721 ntTSL 324.76■■□□□ 1.557e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NMD3-204ENST00000463518 1077 ntTSL 524.74■■□□□ 1.557e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACACA-238ENST00000616352 1626 ntTSL 1 (best)24.64■■□□□ 1.537e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.537e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 BRF1-216ENST00000550208 1040 ntTSL 324.39■■□□□ 1.57e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RPS6KB2-210ENST00000530623 569 ntTSL 424.25■■□□□ 1.471e-10■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NMD3-208ENST00000476237 685 ntTSL 524■■□□□ 1.437e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 METTL26-210ENST00000565799 716 ntTSL 323.73■■□□□ 1.397e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.387e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.387e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACACA-236ENST00000615229 1468 ntTSL 1 (best)23.32■■□□□ 1.327e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.37e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 WDR18-203ENST00000586317 831 ntTSL 222.74■■□□□ 1.237e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PPP1CB-205ENST00000420282 570 ntTSL 422.69■■□□□ 1.227e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LCP1-204ENST00000442275 753 ntTSL 322.62■■□□□ 1.217e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.211e-10■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.27e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.187e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 CSNK2A2-204ENST00000565188 547 ntTSL 222.18■■□□□ 1.147e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RHOT2-217ENST00000567589 550 ntTSL 321.93■■□□□ 1.17e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PKM-217ENST00000566809 560 ntTSL 421.82■■□□□ 1.087e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MAD1L1-205ENST00000421113 564 ntTSL 421.56■■□□□ 1.047e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PPP1CB-206ENST00000427786 569 ntTSL 421.49■■□□□ 1.037e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ATIC-207ENST00000443953 2187 ntTSL 221.01■□□□□ 0.957e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.947e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.927e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NDUFS8-213ENST00000531282 536 ntTSL 220.44■□□□□ 0.867e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ATIC-204ENST00000427397 1046 ntTSL 520.43■□□□□ 0.867e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PKM-218ENST00000567087 550 ntTSL 420.33■□□□□ 0.857e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.847e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.837e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.817e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACADVL-237ENST00000583858 1015 ntTSL 520.04■□□□□ 0.87e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.777e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACADVL-220ENST00000579546 582 ntTSL 519.79■□□□□ 0.767e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.757e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 WDR18-206ENST00000590397 1083 ntTSL 519.48■□□□□ 0.717e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.647e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACADVL-236ENST00000583850 903 ntTSL 218.86■□□□□ 0.617e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PKM-223ENST00000569050 457 ntTSL 418.85■□□□□ 0.617e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PLOD1-204ENST00000449038 762 ntTSL 518.55■□□□□ 0.567e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 FBRS-205ENST00000484152 510 ntTSL 318.33■□□□□ 0.537e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACADVL-204ENST00000542255 1016 ntTSL 518.32■□□□□ 0.527e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.487e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.467e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ENO1-204ENST00000489867 732 ntTSL 1 (best)17.61■□□□□ 0.417e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 LSR-206ENST00000597446 478 ntTSL 317.6■□□□□ 0.417e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SKA2-209ENST00000583976 570 ntTSL 217.26■□□□□ 0.357e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 TAL1-206ENST00000481091 504 ntTSL 317.09■□□□□ 0.337e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ATIC-208ENST00000444305 569 ntTSL 417.07■□□□□ 0.327e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 BAZ2A-215ENST00000551959 483 ntTSL 417.05■□□□□ 0.327e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACADVL-214ENST00000578711 1732 nt16.94■□□□□ 0.37e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.297e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 MTF2-207ENST00000474314 816 ntTSL 516.86■□□□□ 0.297e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RPS6KB2-204ENST00000524934 466 ntTSL 316.7■□□□□ 0.261e-10■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 NDUFS8-204ENST00000524810 616 ntTSL 216.62■□□□□ 0.257e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RNF40-209ENST00000566703 808 ntTSL 316.56■□□□□ 0.247e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACADVL-219ENST00000579425 1234 ntTSL 516.46■□□□□ 0.237e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 ACADVL-239ENST00000585203 947 ntTSL 516.46■□□□□ 0.237e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 PPP1CB-207ENST00000441461 584 ntTSL 216.35■□□□□ 0.217e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 RTN4-210ENST00000427710 589 ntTSL 416.21■□□□□ 0.197e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.137e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 TUBE1-204ENST00000603621 547 ntTSL 315.72■□□□□ 0.117e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 GRK6-210ENST00000515666 2141 ntTSL 515.68■□□□□ 0.17e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 DUS4L-201ENST00000265720 2220 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.097e-6■■■■■ 33.4
SF3B1O75533 DUS4L-204ENST00000436411 2280 ntTSL 215.56■□□□□ 0.087e-6■■■■■ 33.4
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 3724.6 ms